Пробоподготовка без выделения РНК увеличит количество тестов на коронавирус в 5–10 раз

Потребность в диагностических ПЦР-тестах на SARS-CoV-2 по-прежнему высока, однако в условиях пандемии наблюдается нехватка квалифицированного персонала и реагентов для выделения РНК вируса из образцов. Ученые из ЮАР разработали протокол пробоподготовки к ПЦР-анализу на коронавирус, позволяющий преодолеть эти ограничения. В новом методе выделение нуклеиновых кислот с помощью химических реагентов заменено на нагревание образца. Кроме того, протокол оптимизирован для автоматизированных систем. Эти решения ускоряют и удешевляют пробоподготовку.

Ученые назвали новый метод «быстрой подготовкой образцов» (rapid sample preparation, RSP) и валидировали его на 195 назофарингеальных и орофарингеальных мазках. С помощью коммерческого диагностического теста, предполагающего выделение нуклеиновых кислот, 115 мазков были определены как SARS-CoV-2-положительные, 80 — как SARS-CoV-2-отрицательные.

Новый протокол предполагает смыв мазка с тампона солевым раствором в пробирку, центрифугирование, перенос образца в 96-луночный планшет, инкубирование этого планшета на 98°C в течение 5 минут, а затем на 4°C в течение 2 минут. Далее с планшетом работает автоматизированная система для дозирования жидкостей QIAgility. Система раскапывает реагенты для ПРЦ (Allplex 2019-nCoV, SeeGene) в стрипы и добавляет к ним образцы из планшета. Готовая смесь используется для ПЦР в реальном времени.

Из 115 образцов, отнесенных к вирус-положительным по результатам коммерческого теста, 111 были классифицированы как положительные при использовании RSP (то есть совпадение положительных результатов составило 97,37%). Из 80 образцов, изначально считающихся вирус-отрицательными, 72 также были отрицательными по результатам ПЦР после RSP (совпадение отрицательных результатов достигало 97,30%). Ученые оценивают чувствительность ПЦР после RSP в 807 копий вирусной РНК на реакцию.

Авторы считают рабочие характеристики ПЦР-анализа с пробоподготовкой методом RSP приемлемыми для клинической диагностики в лаборатории больницы Groote Schuur (Кейптаун). По их мнению, новый протокол позволит увеличить количество тестов, проводимых ежедневно, в 5–10 раз.

Методы ПЦР-тестирования на SARS-CoV-2 без выделения РНК рассматривались и ранее. Так, в апреле появился препринт от канадских ученых, в котором описаны особенности хранения образцов для анализа с помощью Allplex 2019-nCoV, а GenomeWeb опубликовал обзор соответствующих разработок различных компаний и научных групп. Экстракция РНК также не требуется для теста на коронавирус на основе CRISPR-Cas13a.