В коронавирусе из Уханя обнаружили вставки из ВИЧ. Естественные, искусственные, или ошибка?

«Сверхъестественное сходство уникальных вставок в белке шипов оболочки 2019-nCoV с gp120 ВИЧ-1 и Gag» (Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag) — статью с таким пугающим названием опубликовала вчера, 31 января, на сервере препринтов bioRxiv группа исследователей из Индийского института технологий и Университета Дели.

Ученые обнаружили 4 вставки в белке гликопротеина коронавируса, которые являются уникальными для 2019-nCoV и отсутствуют в других коронавирусах. Более того, аминокислотные остатки во всех 4 вставках имеют идентичность или сходство с остатками в белках gp120 ВИЧ-1 или Gag ВИЧ-1 — ключевых структурных белках вируса иммунодефицита человека. Интересно, что, несмотря на то, что вставки являются прерывистыми по первичной аминокислотной последовательности, 3D-моделирование коронавируса предполагает, что они сходятся, образуя сайт связывания рецептора. То есть они предположительно находятся именно в том месте, которым коронавирус атакует клетки организма.

Исследователи прямо пишут в препринте, что такое сходство или идентичность вряд ли случайны по своему происхождению.

Гликопротеин шипов оболочки (S) коронавируса состоит из двух субъединиц — S1 и S2. Субъединица S1 помогает в связывании рецепторов клеток организма хозяина, а субъединица S2 облегчает слияние с мембраной. Эти белки являются важными детерминантами тканевого тропизма и диапазона хозяев. Кроме того, они же являются мишенями для вакцин. По этой причине белки шипа наиболее широко изучены у коронавирусов.

Индийские исследователи сравнили методами биоинформатики белки различных вирусов и выяснили, что наибольшее сходство 2019-nCoV имеет с вирусом атипичной пневмонии (SARS).

Каким же образом попали в коронавирус 4 обнаруженные аминокислотные вставки ВИЧ? Ученые пишут, что « можно время от времени ожидать случайного совпадения для участка из 6-12 смежных аминокислотных остатков в неродственном белке. Однако маловероятно, что все 4 вставки в гликопротеине шипов 2019-nCoV случайно совпадают с 2 ключевыми структурными белками неродственного вируса (ВИЧ-1)».

Более того:

«Это поразительно, поскольку для вируса весьма маловероятно, что такие уникальные инсерции приобрелись естественным образом за короткий промежуток времени. <…> Взятые вместе, наши выводы свидетельствуют о нетрадиционной эволюции 2019-nCoV…».

Исследователи более чем прозрачно намекают на искусственное происхождение нового коронавируса.

Комментарий Георгия Базыкина, зав. лабораторией молекулярной эволюции ИППИ РАН, профессора Сколковского института науки и технологий:

«По моему мнению, и по мнению всех известных мне экспертов, видевших этот препринт, эти выводы ошибочны. Коронавирус, вызывающий сейчас эпидемию в Китае — это результат обычной постепенной эволюции вируса животных, «перепрыгнувшего» в людей, то есть того же самого процесса, с которым человечество уже неоднократно встречалось раньше. В ходе такой эволюции происходят не только точечные замены, но также и вставки и выпадения фрагментов генома, и в этом нет ничего необычного.

Сходство между вставленными последовательностями и белками ВИЧ объясняется простым совпадением, и это совпадение не является неожиданностью. Дело в том, что вставленные последовательности очень короткие — от 6 до 12 аминокислот, а авторы искали подобные последовательности в колоссальной базе данных, включающей практически все известные вирусные последовательности. Это все равно как искать фразу «она вошла в комнату» во всех книгах огромной библиотеки. Фраза найдется, и не раз — но вовсе не потому, что писатели копировали её друг у друга.

Есть статистический способ оценить то, насколько неожиданной является подобная находка. Этот метод вмонтирован в ту самую программу BLAST, которую использовали авторы для поиска сходства. Как и многие другие исследователи, я повторил несложный проделанный в работе анализ. Для таких коротких последовательностей случайно ожидаются тысячи совпадений. Действительно, столь же точные совпадения наблюдаются с белками из многих других вирусов, а если не ограничиваться поиском лишь среди вирусов — то многих других живых существ: животных, растений, грибов и др. (Инструкция, как воспроизвести результаты авторов и убедиться, что обнаруженные результаты статистически незначимы, есть в комментариях под текстом статьи на bioRxiv.)

Так что ничего «сверхъестественного» в этих результатах нет».