Китайский портативный секвенатор может конкурировать с Illumina MiniSeq

25 октября на 14-й Международной конференции по геномике (The 14th International Conference on Genomics, ICG-14) в Шэньчжэне китайская компания MGI Tech представила ряд портативных совместимых друг с другом устройств: секвенатор DNBSeq серии E, систему для подготовки образцов DNBelab серии D, приборы для подготовки и анализа единичных клеток DNBelab серии C, а также набор реагентов для секвенирования CoolMPS.

Секвенатор DNBSeq серии E легко умещается на столе, занимая не более 0,1 м². В этом приборе стандартные для секвенаторов оптическая и жидкостная система убраны в одноразовый картридж. Это делает прибор экономичным и простым в обслуживании. Кроме того, такой секвенатор не требует чистой комнаты, а значит, его можно использовать не только в лабораторных, но и в полевых условиях. Разработчики уверяют, что система высокоавтоматизированная и скоростная: запуск прибора займет у оператора 10 минут, и 8 часов пройдет от загрузки образца до получения отчета. Компания считает, что секвенатор DNBSeq серии E сопоставим по размеру с Illumina MiniSeq и при этом дешевле, а по мобильности может конкурировать с Oxford Nanopore Technologies MinIon.

Устройства для автоматизированной пробоподготовки DNBelab серии D совместимы с секвенатором, но могут использоваться отдельно. В основу устройств положены нанофлюидные цифровые технологии. Приборы DNBelab серии D осуществляют комплексную подготовку образцов в одном картридже. Возможна кастомизация устройства: в серию включены модули для разнообразных манипуляций с каплями нано- и микрообъемов, очистки образца на магнитных шариках и ПЦР-амплификации.

Приборы DNBelab серии C предназначены для работы с единичными клетками. Например, с помощью C4 можно в один прием отсортировать и баркодировать от 1 000 до 4 000 клеток. В препринте, опубликованном на bioRxiv.org, представлены результаты сравнения C4, дополненного китом для создания РНК-библиотек, с другими технологиями секвенирования РНК единичных клеток. Авторы утверждают, что система C4 эффективнее аналогов. С ее помощью определяют в среднем 6 000 генов на 100 000 ридов на клетку. Бета-тестирование C4 прошло в одной из лабораторий Стэнфордского университета: систему применили для изучения образцов от пациентов с болезнями Альцгеймера и Паркинсона и получили 120 000 транскриптомов единичных клеток из 40 образцов. Устройство позволяет обрабатывать 50 и более образцов в день, или 100 000 единичных клеток.

В той же лаборатории Стэнфордского университета проверили эффективность набора реагентов для массового параллельного секвенирования CoolMPS. Реагенты включают набор немеченых нуклеотидов и четыре вида моноклональных антител (по одному виду к каждому нуклеотиду) с флуоресцентными метками. В процессе секвенирования антитела связываются с каждым новым присоединенным нуклеотидом. Исследование показало, что набор реагентов CoolMPS обеспечивает риды, соответствующие уровню качества Q30 (1 ошибка на 1 000 оснований).

MGI уже продал более 1000 секвенаторов в Китае и Азиатско-Тихоокеанском регионе. Компания считает, что их продукты разнообразят рынок секвенирования и расширят его возможности.