Пути распространения туберкулеза в доколумбовой Америке

Подавляющее большинство случаев туберкулеза у человека в наши дни вызваны бактерией Mycobacterium tuberculosis sensu stricto, а также некоторыми штаммами M. africanum. Две эти бактерии, а также микобактерия-прародительница возбудителей туберкулеза M. canettii, объединяются в группу MTBC (от Mycobacterium tuberculosis complex). Патологические изменения костной ткани, характерные для туберкулеза, обнаруживают в человеческих останках на территории Южной Америки, относящихся к доколониальному периоду. Недавнее исследование древней ДНК показало, что у жителей побережья современного Перу туберкулез вызывала M. pinnipedii, хотя в настоящее время она практически не поражает людей. Эта бактерия — возбудитель туберкуляеза у ластоногих (морских котиков и морских львов). Передача бактерии от животных к человеку происходила, вероятно, при разделке туш инфицированных ластоногих, поэтому предполагается, что туберкулез в Южной Америке имел зоонозную природу. Авторы новой работы, опубликованной в Nature Communications, получили несколько геномов M. pinnipedii, выделенных из человеческих останков, которые были найдены далеко от побережья. Они показали, что пути трансмиссии этой бактерии в человеческих популяциях в доколониальной Южной Америке были сложнее, чем считалось раньше.

Ученые получили последовательности геномов M. pinnipedii, которые были выделены из останков трех людей, живших в одно время на территории современных Перу и Колумбии. Сначала исследователи произвели скрининг останков десяти людей, которые несли характерные для туберкулеза изменения в скелете, в поисках последовательностей генома M. pinnipedii. После сборки древней бактериальной ДНК в руках ученых оказались геномы трех штаммов бактерии. Геномы двух штаммов, 281U и 386U, были получены из останков, найденных на территории Колумбии. Геном третьего штамма, 82U, был получен из останков человека, жившего в материковой части Перу.

Далее авторы работы провели филогенетический анализ полученных геномов совместно с 261 современным и древним геномом MTBC, а также геномами двух возбудителей туберкулеза у животных. Новые геномы M. pinnipedii кластеризовались вместе с ранее полученными древними и современными последовательностями M. pinnipedii. Два древних колумбийских штамма (281U и 386U) оказались очень близки друг другу, и они совместно формируют кладу, базальную по отношению к штамму из Перу (82U) и современным штаммам M. pinnipedii, однако перуанский штамм отделился раньше. Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в этих геномах M. pinnipedii и их различий с современными геномами показал, что древние штаммы несли общую для всех штаммов M. pinnipedii делецию, а также несколько специфических делеций.

Анализируемые останки были найдены не на побережье. Сомнительно, что заражение этих людей произошло при контактах с ластоногими. Авторы предполагают, что широкое распространение M. pinnipedii произошло из-за контактов человека с человеком или человека с другими животными. Кандидатов много, так как эта бактерия заражает множество видов млекопитающих.