Коротко

Illumina и AstraZeneca заключили стратегическое исследовательское партнерство по обнаружению мишеней для новых препаратов. Компании объединят возможности интерпретации генома на основе искусственного интеллекта (ИИ) и методы геномного анализа, что должно ускорить поиск.

Для интерпретации геномов партнеры будут использовать новое поколение инструментария Illumina на основе ИИ: PrimateAI и SpliceAI совместно с системой анализа AstraZeneca для открытия редких вариантов генов. Также будут применяться ИИ-платформы AstraZeneca — JARVIS и предикторы in silico. Анализ больших объемов мультиомных данных с помощью комбинированных инструментов будет проводиться в центре геномных исследований AstraZeneca.

«Благодаря выявлению генов, для которых есть доказательства причинно-следственной связи с заболеваниями человека, комбинированный подход к поиску имеет потенциал для определения приоритетных кандидатов в лекарства с повышенной вероятностью одобрения», — поясняет директор по стратегии и корпоративному развитию Illumina и исполняющий обязанности финансового директора Джойдип Госвами.

В случае успешного сотрудничества, финансовые детали которого не разглашаются, компании Illumina и AstraZeneca «оценят возможности для долгосрочного партнерства».

НАЖБП — самое частое хроническое заболевание печени, оно поражает каждого четвертого человека. Считается, что его причиной может быть этанол, который производят кишечные бактерии; высокие уровни этанола нарушают функцию печеночной инсулинзависимой алкогольдегидрогеназы. Однако продемонстрировать это сложно, так как печень большинства людей активно метаболизирует алкоголь — за редкими исключениями, такими как пациенты с синдромом автопивоварни (Auto-brewery syndrome) или терминальными стадиями заболевания печени. Поэтому наблюдать высокие концентрации этанола в крови, вызванные активностью микробиома, не удается.

Авторы новой статьи в Nature Medicine измеряли концентрации этанола у людей с НАЖБП, а также у здоровых людей с избыточным весом, в периферической крови и в воротной вене, которая несет кровь от органов брюшной полости к печени. В воротной вене концентрация, измеренная натощак, была в сотни раз выше, причем она увеличивалась по мере прогрессирования заболевания и (или) после приема пищи. А когда участники исследования получили селективный ингибитор алкогольдегидрогеназы перед едой, у лиц с НАЖБП это еще увеличивало концентрацию этанола в периферической крови, но эффект исчезал после лечения антибиотиками. С концентрацией этанола в периферической крови после приема пищи коррелировало, в частности, присутствие в кишечном микробиоме семейства молочнокислых бактерий Lactobacillaceae.

На грипп приходится 7% всех острых инфекций нижних дыхательных путей в мире и 4% случаев смерти от острых инфекций нижних дыхательных путей у детей младше 5 лет. Насколько снижает риски вакцинация? Результаты очередного исследования опубликованы в The Lancet Infectious Diseases. В нем принял участие 41 наблюдательный центр в четырех странах Южной Америки — Аргентине, Бразилии, Чили и Парагвае — в рамках REVELAC-i (Red para la Evaluación de Vacunas En Latino América y el Caribe—influenza), сети, которая ежегодно оценивает эффективность вакцинации против гриппа.

Были собраны данные о 2747 пациентов, вакцинированных и невакцинированных, с лабораторно подтвержденной инфекцией вирусом гриппа, госпитализированных с января 2013 г. по декабрь 2019 г. Среди них были 649 маленьких детей (0,5–2 года), 520 взрослых (18–64 лет) с различными хроническими заболеваниями и 1578 пожилых людей (старше 65 лет). Вакцинация против гриппа была связана с более низкой вероятностью госпитализации в отделения интенсивной терапии или внутрибольничной смерти, однако картина различалась в разных группах. Шансы госпитализации в ОИТ были существенно снижены у вакцинированных детей по сравнению с невакцинированными. Для вакцинированных взрослых с заболеваниями и пожилых людей разница не была статистически значимой, что, однако, расходится с данными других исследований. В то же время у старшей возрастной группы вакцинация снижала вероятность смерти.

Воспалительный рак молочной железы характеризуется повышенным риском метастазов в центральной нервной системе (ЦНС). Ученые из США ретроспективно рассмотрели данные медкарт пациентов с этим типом рака, чтобы установить факторы риска. Анализ охватил 531 пациента с воспалительным раком молочной железы на стадиях III и IV, метастазы в ЦНС обнаружились у 124 из них. Встречаемость метастазов в ЦНС была выше среди пациентов с IV стадией рака. По данным статистического анализа, для пациентов с III стадией значимым фактором риска метастазов был трижды негативный подтип опухоли. Кроме того, факторами риска метастазирования в ЦНС оказались висцеральные метастазы и молодой возраст на момент выявления метастатического заболевания. По мнению авторов, необходимо продолжать исследования в этой области, чтобы понять, улучшит ли исход раннее выявление метастазов в ЦНС, и найти способы предотвратить метастазирование.

На прошлой неделе Министерство обороны США внесло компанию BGI в список «китайских военных компаний, осуществляющих прямую или непрямую деятельность в США». Составление списка началось в июне 2021 года. Тогда же президент Джо Байден подписал указ, запрещающий американским организациям участвовать в покупке или продаже ценных бумаг компаний из списка.

Пока неизвестно, повлияет ли внесение в список Министерства обороны на дочерние компании BGI, осуществляющие деятельность в США, — MGI Tech, которая недавно вернулась на американский рынок, и Complete Genomics.

Об этом администрация Байдена объявила 6 октября. Директор Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC) распорядился о проверках в аэропортах, а госдепартамент опубликовал предупреждение о том, что контролю подлежат все пассажиры, включая граждан США.

К концу прошлой недели в Уганде было зарегистрировано по меньшей мере 64 подтвержденных случая и около 30 смертей — крупнейшая вспышка в этой стране с начала 2000-х. Она вызвана эболавирусом Судан, а не эболавирусом Заир, который был причиной вспышек 2013–2016 гг. Методы вакцинации и лечения инфекции эболавирусом Судан еще проходят клинические испытания. Последняя вспышка, вызванная им, тоже произошла в Уганде деcять лет назад.

О случаях лихорадки Эбола за пределами Уганды пока не сообщалось, но службы здравоохранения США призвали врачей проявлять бдительность в отношении пациентов с подозрительной симптоматикой. Вирус Эбола высококонтагиозен, распространяется при контакте с биологическими жидкостями, воздушно-капельный путь передачи не показан. Геморрагическая лихорадка Эбола — смертельно опасное заболевание; умирает в среднем каждый второй инфицированный (от 25 до 90%).

Медицинский центр Калифорнийского университета в Дейвисе (UC Davis Health) сообщает о рождении троих детей, которым впервые внутриутробно провели комбинированное лечение миеломенингоцеле (тяжелая форма spina bifida) — хирургическую операцию в сочетании с клеточной терапией. Лечение проводилось в рамках проекта CuRe Trial, который начался весной 2021 года. Детей будут наблюдать в течение 30 месяцев после рождения, чтобы оценить безопасность и эффективность терапии.

В настоящее время хирургия in utero — наиболее эффективный способ терапия миеломенингоцеле. Специалисты UC Davis Health разработали препарат на основе стволовых клеток плаценты, который должен способствовать восстановлению плода и нормальным функциям нижних конечностей, кишечника и мочевого пузыря после рождения. До начала КИ комбинированная терапия была успешно протестирована на животных. Первое медицинское применение описано на сайте UC Davis Health. Операция состоялась в июле 2021 года, гестационный возраст плода составлял 25 недель. После хирургии на пораженный участок спинного мозга врачи поместили накладку со стволовыми клетками. В сентября 2021 г. в результате кесарева сечения на свет появилась девочка, она шевелила ножками, и это внушало врачам и родителям оптимизм (в случае провала терапии ожидался паралич ног). Однако окончательные выводы будут сделаны только по истечению периода наблюдения.

В CuRe Trial планируется набрать 35 беременных женщин с диагнозом плода «миеломенингоцеле».

Ученые из Вашингтонского университета и коллабораторы (включая специалистов из Oxford Nanopore Technologies) использовали нанопоровое полногеномное секвенирование, чтобы оценить генетический риск развития энтеропатического акродерматита у новорожденного. Им понадобилось всего три часа. Для того, чтобы добиться такого результата, ученые оптимизировали протокол секвенирования и таргетный анализ данных. Авторы признают, что в этом случае такой быстрый анализ не требуется, но полученный результат доказывает широкие возможности нанопорового секвенирования.

Первая проблема, которую решили авторы работы — как использовать малое количество крови новорожденного для качественного секвенирования. После этого они нашли возможность ускорить все стадии секвенирования. Сырые данные загружались на удаленный сервер, где происходил анализ. Ученым уже был известен патогенный вариант, наличие или отсутствие которого нужно было выяснить у пробанда. Уже через три часа после рождения ребенка ученые подтвердили, что он не унаследовал патогенный вариант. После того, как авторы узнали ответ, они секвенировали образец еще четыре часа, чтобы получить покрытие 45X. Авторы предполагают, что такой анализ будет стоить десятки тысяч долларов, что, по их словам, все равно дешевле, чем день в отделении реанимации или некоторые лекарства. В данном случае речь идет скорее о доказательстве возможности такого быстрого тестирования.

Компания Natera объявила результаты исследования теста Prospera Kidney на донорскую бесклеточную ДНК (dd-cfDNA) в крови реципиентов почки. Оказалось, что он предсказывает отторжение донорского органа эффективнее, чем стандартный тест на донор-специфические антител (DSA).

В тесте Prospera Kindey используется технология мультиплексной ПЦР, позволяющая выявлять SNP. Риск отторжения определяется по доле внеклеточной ДНК донора в крови реципиента. Анализ позволяет неинвазивным способом идентифицировать отторжение аллотрансплантата без предварительного генотипирования донора или реципиента.

Исследование теста, проведенного на образцах крови и биопсиях почки от 280 пациентов, опубликовано в Transplantation. Доля и количество dd-cfDNA и статус DSA сопоставлялись с результатами патологичсекого, гистологического и молекулярного анализа почечных биопсий. Компания пришла к выводу, что фракция dd-cfDNA позволяет более точно, нежели тест DSA, прогнозировать возможное отторжение донорской почки, опосредованное антителами реципиента. Полученные результаты поддерживают идею о скорейшем внедрении анализа dd-cfDNA в клиническую практику.

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) заявило, что разрабатываемые тесты на вирус обезьяньей оспы должны быть нацелены сразу на несколько генетических последовательностей. Это увеличит эффективность диагностики и снизит риск пропуска вариантов вируса.

Во время онлайн-совещания с разработчиками диагностических средств заместитель директора отдела микробиологических устройств FDA Кристиан Рот сказал, что Центры по контролю и профилактике заболеваний США наблюдают делеции в геномах некоторых изолятов вируса оспы обезьян, собранных в Калифорнии. Эти делеции затрагивают опубликованные ранее последовательности праймеров, которые некоторые организации использовали для создания тестов.

FDA рекомендует разработчикам включать в тест хотя бы одну мишень в сегменте генома, не специфического для какого-либо варианта вируса оспы обезьян, либо последовательность из генома другого ортопоксвируса. Кристиан Рот отметил, что две-четыре мишени сделают тест устойчивым к мутациям вируса. Тесты на одну мишень, уточняют в FDA, также будут рассмотрены. Однако все риски при таком подходе компании-разработчики возьмут на себя.