Коротко

Компания Pacific Bioscience представила систему секвенирования мультиплексных массивов MAS-Seq, разработанную компанией 10x Genomics в партнерстве с Институтом Бродов, МТИ и Гарвардом. Технология анализа экспрессии генов единичных клеток от 10x Genomics позволяет исследовать транскриптомы методом секвенирования РНК. Полученные данные помогут обнаружить новые терапевтические мишени, в частности, идентифицировать и описать новые изоформы, драйверные мутации и гены рака. Вместе с набором MAS-Seq компания выпустит новое программное обеспечение SMRTLink.

Набор MAS-Seq является первым в серии продуктов компании PacBio, разработанных в сотрудничестве с 10x Genomics.

Illumina объявила о сотрудничестве с французской компанией GenoScreen для продвижения геномного тестирования на туберкулез с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Финансовые условия сделки не раскрываются. Партнерство поможет достижению целей стратегии Всемирной организации здравоохранения по прекращению глобальной эпидемии туберкулеза к 2035 году. До появления COVID-19 именно туберкулез был наиболее частой причиной смерти от инфекционных заболеваний.

Реагенты для NGS от Illumina дополнит анализ Deeplex Myc-TB компании GenoScreen на основе таргетного секвенирования, предназначенный для обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса, а также прогнозирования резистентности к 15 антибиотикам. Использование теста Deeplex Myc-TB с платформами NGS от Illumina позволит получить результат в течение 24-48 часов, тогда как стандартные методы тестирования на основе посевов занимают два месяца.

Illumina заявляет, что это партнерство поможет странам с низким уровнем дохода противостоять распространению туберкулеза с МЛУ.

Биотехнологическая компания GenoScreen со штаб-квартирой в Лилле была создана в 2001 году. В 2013 году она представила молекулярно-генетический метод MIRU-VNTR для генотипирования микобактерий туберкулеза, в 2019 году — тест Deeplex Myc-TB.

Команда из США и Китая собрала базу данных по экспрессии генов и альтернативному сплайсингу у домашних животных: скота, птицы, кошек и собак. База, получившая название LivestockExp включает информацию по 43 710 образцам от 14 видов животных, принадлежащих к шести порядкам, и снабжена инструментами для поиска, анализа и визуализации генной экспрессии, экспрессионных сетей, дифференциальной экспрессии и других транскрипционных паттернов. Подробно о создании и свойствах базы ученые рассказали в BMC Genomics. По их мнению, LivestockExp — ценный ресурс для изучения связи фенотипов домашних животных с особенностями генной экспрессии.

Опиоиды, прежде всего морфин, эффективно снимают боль, но при этом могут угнетать дыхание и вызывать привыкание. Международная группа ученых обратила внимание на вещества, взаимодействующие с α2A-адренергическим рецептором, которые тоже облегчают боль. В настоящее время уже существуют препараты, таргетирующие этот рецептор — бримонидин, клонидин и дексмедетомидин. Однако они вызывают сонливость, потому применяются только в отделениях интенсивной терапии. Авторы работы поставили задачу — отделить обезболивающий и седативный эффекты.

Ученые искали химические соединения, которые активируют адренергический рецептор в центральной нервной системе без седативного эффекта. Они просмотрели виртуальную библиотеку более 300 млн молекул в поисках тех, что подходят к рецептору, но при этом не родственны известным препаратам. После серии симуляций выбрали 50 молекул, синтезировали их и протестировали, в результате получили две, подходящие под заданные критерии. Эти две оптимизированные молекулы эффективно уменьшали болевые ощущения у модельных животных, не оказывая при этом седативного эффекта.

В этом году более 47 миллионов кур и индеек в США погибли из-за инфекций птичьим гриппом и выбраковки, что вызвало запреты на экспорт, снижение производства яиц и мяса индейки, сообщает Reuters. Это близко к антирекорду 2015 года, когда погибло 50,5 миллиона птиц.

По словам Розмари Сиффорд, главного ветеринарного врача Министерства сельского хозяйства США (USDA), вспышка вызвана штаммом подтипа H5N1. Летом распространение инфекции замедлилось, но не прекратилось полностью, как было в 2015 году. Тот же штамм goose/Guangdong стал причиной кризиса в животноводстве Европы, добавила она.

Сиффорд также отметила, что этот вирус обнаруживается у большего количества диких птиц, чем штаммы, наблюдаемые ранее, и, возможно, он дольше персистирует в организме. Из-за перелетных птиц повышенная угроза инфекций может сохраняться до лета 2023 года.

Экологи-микробиологи из Японского национального технологического института собирали в пещерах и горячих источниках олиготрофные микроорганизмы (существующие в условиях дефицита питательных веществ). Они планировали найти микроорганизмы, перспективные для биотехнологических разработок, но их находка оказалась важной с фундаментальной точки зрения — как еще одно промежуточное звено между одноклеточным и многоклеточным.

Микроорганизм из пещеры, получивший название Jeongeupia sacculi sp. nov. HS-3, при делении образует длинные нити, которые складываются в двумерные структуры, окрашенные интерференцией света в цвета радуги. Через несколько дней плоский лист утолщается, клеточный конгломерат начинает формировать незамкнутую сферу, вмещающую скопления непрозрачных палочковидных дочерних клеток, которые «выстреливаются» при контакте с водой и дают начало новым конгломератам.

HS-3 был найден на стене пещеры над ручьем. «Многоклеточное тело» формируется на стенке, и, вероятно, когда вода в ручье поднимается из-за дождя, она уносит клетки-«семена». Комментаторы, к которым обратился Science, отмечают, что открытие HS-3 подчеркивает важную роль окружающей среды в эволюционном развитии сложности.

Ученые из Марокко создали веб-сервер BuscoPhylo для автоматизированного филогенетического анализа, основанного на методе BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs). Чтобы запустить анализа, пользователь должен внести в программу геномную или транскриптомную сборку или аннотированный набор генов, а также указать домен, к которому принадлежит организм. BuscoPhylo работает бесплатно и полностью онлайн. На выходе пользователь получает филогенетическое древо, которое можно скачать. Разработчики протестировали программу на 35 публично доступных геномах бактерии Dickeya solani. Топология итогового филогенетического древа соответствует таковой для древа, полученного ранее с помощью другой программы. Вторым тестовым объектом стал грибок Fusarium oxysporum.

Подробно о разработке и свойствах BuscoPhylo авторы рассказали в Scientific Reports. Они отмечают, что программа подходит для неспециалистов и заполняет пробел между двумя основными методами геномного анализа: сборкой генома и филогенетическим анализом. Команда будет поддерживать BuscoPhylo не менее двух лет, обеспечивая необходимые обновления софта. В планах — добавить опцию работы с сырыми ридами, а также добавить этап сборки, чтобы пользователь мог сразу переходить от секвенирования к филогенетическому анализу.

Исследователи из Юго-Западного медицинского центра Техасского университета (Юта) и компании TransMedics из Массачусетса собирают данные о трансплантированных печенях, совокупная продолжительность жизни которых в организме донора, а затем реципиента превышает 100 лет. Их задача — понять, что отличает эти органы, и разработать критерии для более широкого отбора пожилых доноров. Результаты были представлены на Научном форуме Американского колледжа хирургов, на Клиническом конгрессе 2022 года.

Из 253 406 печеней, трансплантированных с 1990 по 2022 год, 25 прожили более 100 лет. Средний возраст их доноров был значительно выше — 84,7 года по сравнению с 38,5 годами для трансплантатов, не достигших столетнего возраста. Но кроме того, эти доноры имели более низкую заболеваемость диабетом и меньшее количество инфекций. У них также были снижены уровни ферментов трансаминаз, которые могут вызвать проблемы при пересадке печени. Реципиентам в этих 25 случаях требовалась менее срочная трансплантация.

«Существование аллотрансплантатов возрастом более 100 лет свидетельствует о впечатляющей устойчивости печени к событиям старения», — отмечают авторы.

Продукты для ухода за волосами тщательно исследуют на предмет безопасности: всасывание химических веществ через кожу головы идет активнее, чем на других участках кожи, кроме того, термическое воздействие способствует выделению опасных веществ. Исследование, проведенное Национальными институтами здравоохранения США, показало, что женщины, которые используют химические средства для выпрямления волос, имеют более высокий риск развития рака матки по сравнению с женщинами, которые не сообщали об использовании этих средств. Подобной связи не обнаружено для красок, осветлителей, средств для химической завивки.

Авторы собрали данные о 33 497 женщинах из США в возрасте от 35 до 74 лет, за которыми наблюдали почти 11 лет. За это время было диагностировано 378 случаев рака матки. У женщин, которые сообщали о частом использовании средств для выпрямления волос (более четырех раз в предыдущем году), риск развития рака матки был существенно выше, чем у тех, кто не использовал их. «По нашим оценкам, у 1,64% женщин, которые никогда не пользовались выпрямителями для волос, к 70 годам разовьется рак матки; но для частых пользователей этот риск возрастает до 4,05%», — сказала Александра Уайт, ведущий автор исследования. «Однако важно поместить эту информацию в контекст: рак матки — относительно редкий вид рака», — добавила она.

Участницы, использовавшие выпрямители, были в основном афроамериканками (59,9%, тогда как в общей когорте их было 7,4%), как правило, были моложе, с более высоким ИМТ и более низкой физической активностью. Возможно, выпрямители стоит учитывать как дополнительный фактор риска в этих группах, но для его оценки нужны дополнительные исследования.

В JAMA Neurology опубликован вторичный анализ результатов КИ донанемаба — препарата для терапии болезни Альцгеймера на ранней стадии, разработанного компанией Eli Lilly. Целью анализа было выявление биомаркеров плазмы, ассоциированных с лечением.

Донанемаб — это гуманизированное моноклональное антитело класса IgG1, которое связывается с бета-амилоидом, модифицированным пироглутаматом. Такая форма бета-амилоида, известная как N3pG, обильно представлена в амилоидных бляшках. Эффективность антитела удобнее всего было бы определять по изменению биомаркеров плазмы крови. В поисках подходящих биомаркеров специалисты Eli Lilly в коллаборации с учеными из других американских организаций провели вторичный анализ данных рандомизированного КИ TRAILBLAZER-ALZ. Они обнаружили, что в группе пациентов с ранней стадией болезни Альцгеймера, получавшей донанемаб, были снижены уровни pTau₂₁₇ и глиального фибриллярного кислого белка по сравнению с группой плацебо. Снижение биомаркеров в плазме коррелировало с уменьшением амилоидных бляшек в мозге пациентов, которое выявили с помощью ПЭТ.

Такие изменения могут указывать на изменения в патологической картине болезни. Возможность использования pTau₂₁₇ и глиального фибриллярного кислого белка в оценке ответа на лечение должна быть протестирована в дальнейших исследованиях.