Меню
Все темы
Junior/Middle/Senior - Bioinformatics - new Startup BioTools4You
Мы начинающий стартап с идеей создания продукта для биоинформатиков, объединяющего инструменты (тулы, пайплайны), нам требуются эксперты для сотрудничества и участия в создании продукта. Ставим перед собой задачу внести вклад в развитие, сплочение сообщества биоинформатиков по всему миру.
Локация: Любая
Требования:
Образование в области биоинформатики
Обязанности:
1. Консультирование по вопросам предметной области — биоинформатика.
2. Участие в наполнении и выверки контента (категории, тулы, пайплайны).
3. Участие в формировании различных функциональных возможностей продукта.
4. Участие в бета-тестировании системы и предоставление фидбэка.
5. Изучение конкурентов и предоставление обратной связи о их достоинствах и недостатках.
Дополнительно: Занятость: part time
Вилка ЗП: 1500–2000 р/час
Отправлять резюме и задать вопросы по вакансии: Telegram @muhinaai
Вакансия: Биоинформатик
Компания: Genotek
Локация: Москва
Задачи:
· полногеномный поиск ассоциаций (GWAS);
· полигенные шкалы риска (PRS);
· популяционная генетика (дальнее родство, ancestry inference).
· Участие в разработке ДНК-тестов ("Генетический паспорт") и научных публикациях (Nature, Scientific Reports, PLOS ONE т.д.)
Писать можно в Telegram: @alexrakitko
Детальное описание https://hh.ru/vacancy/49508564
Статины — препараты, снижающие уровень холестерина, — влияют на концентрацию простатического специфического антигена, который используют для скрининга на рак простаты. Финские ученые проверили, влияет ли прием статинов на результаты скрининга. Исследование проводили на данных 78 606 мужчин. Оказалось, что рак простаты высокого риска выявляется с одинаковой частотой у индивидов, принимающих и не принимающих статины. При этом у первых значительно реже выявляются опухоли низкого риска, которые не представляют угрозы здоровью, так как очень медленно растут. Ассоциаций статинов со смертностью от рака среди участников исследования выявлено не было.
По мнению авторов, статины помогают избежать гипердиагностики, не снижая выгоды от скрининга. Работа опубликована в JAMA Oncology.
Bioinformatics scientist (NGS)
з/п не указана
Требуемый опыт работы: 1–3 года
Полная занятость, гибкий график
BostonGene Corporation is pioneering the use of biomedical software for advanced patient analysis and personalized therapy decision making in the fight against cancer. Our unique solution continuously aggregates the latest cancer research and clinical information from around the world. BostonGene’s unique solution performs sophisticated analytics to aid clinicians in their evaluation of viable treatment options for each patient’s genetics, tumor and tumor microenvironment, clinical characteristics, and disease profile. BostonGene’s mission is to enable physicians to provide every patient with the highest probability of survival through optimal cancer treatments using advanced, personalized therapies via sophisticated analytics and integration of scientific and clinical knowledge.
BostonGene Tumor Portrait test, based on integrated genomic and transcriptomic analysis, propels precision medicine into daily practice and supports physicians in actualizing personalized therapy for cancer patients. The test uses whole exome (WES) and whole transcriptome (RNAseq or RNA-sequencing) sequencing to profile the tumor’s genomic, transcriptomic, microenvironment, and neoantigenic properties.
Responsibilities:
· Participate in the research on oncogenesis and tumor properties integrating WES, WGS, RNAseq, scRNAseq, and Methyl-seq data analysis;
· Develop algorithms and analyze NGS data (WES, WGS, RNAseq, scRNAseq, Methyl-seq);
· Study the basics of tumor oncogenesis, participate in projects aimed to discover personalized biomarkers of therapeutic efficacy;
· Analyze tumor biology;
· Analyze scientific literature and expand the BostonGene knowledge base on oncogenesis/tumor’s molecular and cellular characteristics;
· Analyze the [NM5] mechanism of action of drugs at the molecular and cellular level;
· Participate in the development of a model to describe the molecular and cellular properties of a tumor.
Requirements:
· Experience working with RNAseq data;
· knowledge of fundamentals of immunology/cell biology;
· knowledge of the molecular basics of modern targeted and immune antitumor therapies is encouraged;
· experience with scientific literature and scientific databases;
· fluency in English sufficient for fluent reading and understanding of scientific articles;
· background in experimental work in biochemistry /molecular biology is a plus;
· experience with Python/pandas, R;
· knowledge in machine learning is a plus.
We offer:
· Full-time position, permanent contract, flexible working hours, the possibility of fully remote work;
· Versatile professional environment: bioinformatics, biologists, physicians, and software developers who united to save people’s lives;
· The office is located in Moscow, Paveletskaya metro station;
· Competitive salary and medical insurance.
Ключевые навыки
Английский — B2 — Средне-продвинутый
Python
Английский язык
Bioinformatics
ML
Адрес
Москва, метро Павелецкая, Шлюзовая набережная, 6с4
Вакансия опубликована 30 ноября 2021 в Москве
Подробнее:
В 2014 году программа UNAIDS поставила цель, известную как 95-95-95: к 2030 году 95% ВИЧ-инфицированных должны знать свой ВИЧ-статус; 95% ВИЧ-положительных индивидов с известным статусом должны получать антиретровирусную терапию; у 95% пациентов на терапии должна наблюдаться супрессия вируса. Новая статья в The Lancet HIV освещает результаты глобального ретроспективного исследования вирусной супрессии у детей, подростков и взрослых, получающих АРТ.
Исследование охватило 21 594 детей и подростков в 22 странах и 255 662 взрослых в 30 странах. Супрессия вируса через 1 год терапии наблюдалась у 79% взрослых, через 2 года — у 72%, через 3 года — у 65%. Для детей и подростков значения этих показателей были равны 64%, 62% и 59% соответственно. По мнению авторов, доля взрослых ВИЧ-инфицированных, получающих АРТ и добившихся супрессии вируса, приближается к цели, заданной UNAIDS. У детей и подростков прогресс гораздо хуже, а значит, нужно менять подходы к работе с этими возрастными группами.
Ингибиторы протонной помпы (ИПП) применяют для терапии изжоги и язвы желудка. Их часто назначают пациентам, проходящим лечение от онкозаболеваний. ИПП изменяют структуру кишечной микробиоты. В настоящее время появляется все больше доказательств тому, что дисбиоз снижает эффективность ингибиторов контрольных точек иммунитета. Ученые из Австралии проанализировали постфактум данные фазы 3 клинических испытаний IMpower150, в которых оценивалась эффективность комбинированной терапии неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого. Из 1202 участников 441 получал ИПП. Статистический анализ выявил независимую ассоциацию ИПП с худшим исходом терапии для пациентов, которым были назначены комбинации, включающие ингибитор PD-L1 атезолизумаб. При этом ИПП не влияли на выживаемость пациентов, принимавших комбинации с ингибитором VEGF бевацизумабом без атезолизумаба. Авторы делают вывод, что ИПП снижают эффективность ингибиторов контрольных точек иммунитета. По их мнению, онкологам пора пересмотреть неизбирательное назначение ИПП своим пациентам.
Хроническая изнуряющая болезнь (ХИБ) оленей — трансмиссивная губчатая энцефалопатия, вызываемая прионами. Она распространяется в Северной Америке с 1960-х гг. и недавно была зарегистрирована в Евразии. Чувствительность к ХИБ зависит от вариаций гена PRNP, кодирующего прион. Американские ученые секвенировали ген PRNP у 27 оленей Давида (Elaphurus davidianus) из зоопарков Огайо, Калифорнии и Нью-Йорка. Они идентифицировали два гаплотипа, Elad1 и Elad2, которые отличаются четырьмя SNP, при этом три из четырех SNP не синонимичны. В обоих гаплотипах обнаружены полиморфизмы, которые у других видов связаны со сниженной чувствительностью к ХИБ.
Гаплотипы имеют большее сходство с PRNP других оленевых, чем между собой. По мнению ученых, это может свидетельствовать о продолжительном балансирующем отборе локуса PRNP. Сохранение обоих гаплотипов может быть выгодно для популяции оленей Давида, так как вариации аминокислотного состава прионного белка сдерживают трансмиссию ХИБ.
Олени Давида почти полностью вымерли в XIX веке. Популяцию восстановили из 11 особей. В настоящее время в мире насчитывается около 3 000 оленей этого вида. По мнению ученых, результаты исследования вселяют надежду на то, что олени Давида справятся с ХИБ, если встретятся с ней.
В биохимическую лабораторию требуются научные сотрудники: иммунолог/молекулярный биолог/биохимик
Требуемый опыт работы: более 5 лет
Полная занятость, полный день
Один из ведущих исследовательских центров страны начинает программу по защите от инфекционных заболеваний — созданию новых рекомбинантных вакцин, пассивной иммунизации (и это еще не все).
Работы включают в себя полный цикл разработки и исследований — от получения рекомбинантных вирусных антигенов, определения ведущих кандидатов до проведения доклинических исследований.
Если вы энергичны, профессиональны в широком смысле (биохимия и/или молекулярная биология и/или иммунология, последнее желательно, но не обязательно), у вас есть желание стать частью команды с самого начала работ и расти вместе с ней, то мы приглашаем вас.
Приветствуется владение навыками молекулярного клонирования, работ с клеточными культурами и лабораторными животными.
Обязанности (полный перечень, для конкретного сотрудника будет выбор между ними, в зависимости от квалификации и опыта работы):
· создание генетических конструкций;
· выделение и биохимическая характеристика белка;
· работа с лабораторными животными (мыши, крысы, кролики);
· иммунизация животных и отбор биоматериала;
· работа с антителами: выделение, тестирование, определение специфичности и констант связывания.
Требования:
· образование: высшее, биологическое, медицинское, химическое, желательно наличие ученой степени;
· опыт работы в биологической и/или иммунологической лаборатории;
· умение и наличие опыта работы с лабораторными животными, в том числе иммунизация и отбор биоматериала;
· опыт работы в стерильных условиях, знание ИФА;
· английский язык (уверенное чтение англоязычной научной литературы);
· умение работать с научной литературой;
· самостоятельное планирование экспериментов, оформление отчетов;
· ответственность, доброжелательность, умение работать в команде.
Условия работы:
· условия для карьерного роста;
· возможно выполнение диссертационного исследования на базе лаборатории;
· лаборатория снабжена всем необходимым для работы (оборудование, реактивы, расходные материалы);
· работа в Москве, в 7 минутах от м. Ленинский проспект;
· уровень Вашего материального дохода будет соответствовать Вашим профессиональным навыкам и объему выполненных проектов;
· достойный фиксированный оклад;
· успешное выполнение проектов обеспечит вам существенные дополнительные премии.
График работы: формальный 5/2 с 9:30 до 18:00, реальный- индивидуально в соответствии с задачами.
Оформление по ТК РФ.
Ключевые навыки
· Научные исследования
· Иммунология
· Молекулярная биология
· Биохимия
Откликнуться на вакансию можно по телефону +7-926-2550496 (Алексей), а также по почте: lipus5737@gmail.com
Компания Moderna, создавшая вакцину mRNA-1273 против SARS-CoV-2, объявила об обновлениях своей стратегии по устранению вызывающих опасения вариантов (VOC) коронавируса, с учетом появления штамма B.1.1.529 (омикрон). Геном B.1.1.529 включает мутации, наблюдаемые в дельте и увеличивающие ее трансмиссивность, а также мутации, которые встречаются в бете и дельте и способствуют ускользанию от иммунного ответа.
В настоящее время бустерная доза уже существующей вакцины — единственная доступная стратегия борьбы с новым штаммом. Вакцина mRNA-1273 в дозе 50 мкг разрешена в качестве бустера в США. Компания проверяет, способна ли бустерная доза нейтрализовать вариант омикрон, и планирует получить данные в ближайшие недели. На случай если надежность защиты не подтвердится, предложены три варианта стратегии.
1. Повысить дозу бустера для здоровых взрослых до 100 мкг. Этот вариант изучается в настоящее время, и он создает наивысшие нейтрализующие титры против известных штаммов SARS-CoV-2.
2. Использовать созданные ранее мультивалентные бустеры-кандидаты против штаммов с мутациями, подобными тем, что содержаться в омикроне. Эти вакцины уже проходят клинические исследования: mRNA-1273.211, нацеленная на бету (4 идентичные или сходные замены в S-белке: K417N, E484K/A, N501Y, D614G), и mRNA-1273.213 против беты и дельты (8 идентичных или сходных замен: T95I, G142D, K417N, T478K, E484K/A, N501Y, D614G, P681R/H). Moderna проведет тестирование сывороток крови участников испытаний, чтобы оценить их нейтрализующие свойства против омикрона.
3. Быстрая разработка кандидатной вакцины, специфичной против омикрона — mRNA-1273.529. Компания не раз демонстрировала способность продвигать новых кандидатов на клинические испытания за 60-90 дней, отмечается в пресс-релизе.
Техническая консультативная группа по эволюции вируса SARS-CoV-2 Всемирной организации здравоохранения (TAG-VE) собралась 26 ноября 2021 года для оценки нового варианта коронавируса. В последние недели в ЮАР резко возросло число случаев инфекции, что совпало с обнаружением варианта B.1.1.529. Первая подтвержденная инфекция B.1.1.529 была обнаружена в образце, взятом 9 ноября 2021 года. TAG-VE сообщила ВОЗ, что B.1.1.529 следует отнести к вариантам, вызывающим опасения (VOC), а ВОЗ присвоила ему обозначение «омикрон».
Несколько лабораторий показали, что в широко используемом ПЦР-тесте одна из трех мишеней, локализованная в гене S-белка, не обнаруживается, поэтому его можно использовать для выявления этого варианта, отмечается в сообщении ВОЗ. Данные ПЦР-тестирования указывают на то, что B.1.1.529 может распространяться быстрее, чем другие варианты вируса.
ВОЗ рекомендует всем странам усилить эпиднадзор и активнее секвенировать геномы SARS-CoV-2, отправлять полные последовательности генома и связанные метаданные в общедоступную базу данных, например GISAID, и сообщать ВОЗ о первых случаях (кластерах) инфекций, вызванных новым штаммом.
Рабочие определения ВОЗ для VOC и VOI
