Коротко

На Китайско-бразильской конференции по экономическому и торговому сотрудничеству в Сан-Паулу китайская компания BGI Genomics и Brazlex Medical Genetics, лидер Бразилии в области тестирования медицинских технологий, 17 апреля подписали соглашение о сотрудничестве в области тестирования и внедрения продуктов и услуг BGI на бразильский рынок, в том числе пренатального скрининга и скрининга на онкозаболевания. Компания сообщила об этом 16 мая.

Также BGI Genomics продаст компании Biogenar, ведущему поставщику услуг по прецизионной медицине в Аргентине, платформу для высокопроизводительного секвенирования. Кроме того, BGI Genomics заключила соглашение с Biocodices из Буэнос-Айреса о поставке полного набора оборудования и решений для неинвазивного пренатального генетического тестирования. Это позволит проводить тестирование на месте, а не отправлять образцы в зарубежные лаборатории.

Центр прецизионной онкологии чилийского университета Universidad Mayor получил два новейших секвенатора и другое оборудование от BGI Genomics. Это поможет создать крупнейшую лабораторию геномики рака в Чили.

Генерального директора ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор”» Рината Максютова решили уволить 18 мая, решение приняло руководство Роспотребнадзора, сообщает NGS.ru. В приказе, подписанном главой Роспотребнадзора Анной Поповой, названы следующие причины: «непринятие мер по урегулированию конфликта интересов», а также нарушение закона «О противодействии коррупции», что привело к «утрате доверия».

ГНЦ ВБ «Вектор» — один из крупнейших научных вирусологических и биотехнологических центров России, расположенный в наукограде Кольцово недалеко от Новосибирска. В ГНЦ ВБ «Вектор» проводятся исследования в области эпидемиологии, микробиологии, молекулярной биологии, генной инженерии, биобезопасности. В нем находится одна из самых полных в мире коллекций вирусов, включающая опасные патогены. Вакцина «ЭпиВакКорона» против коронавируса SARS-CoV-2, разработанная сотрудниками «Вектора» во время пандемии, вызвала серьезные вопросы, как по ее концепции, так и по защитной эффективности. При этом официально отсутствие эффективности не было признано.

Российские исследователи описали три новых вида клещей, паразитирующих на летучих мышах. По существующим данным, клещи отряда Mesostigmata, к которому относятся описанные виды, могут быть переносчиками патогенных бактерий рода Bartonella, способных заражать в том числе человека. Новые виды относятся к родам Spinturnix, Macronyssus и Steatonyssus. Экземпляры этих клещей были собраны с летучих мышей на территории Монголии и Южной Сибири. Полученные данные характеризуют новые виды клещей на территории России и некоторых соседних государств (Монголии, Кореи, Японии и бывших союзных республик). Авторы надеются, что их результаты помогут улучшить понимание систематики и экологии представителей этих родов, являющихся потенциальными переносчиками патогенов.

ДНК человека можно выделить практически в любом месте нашей планеты, где побывали люди, выяснили исследователи из Университета Флориды совместно с коллегами из различных стран. И не только выделить, но и идентифицировать с точностью до конкретного человека, если образец ДНК этого человека есть в генетической базе данных. В предыдущих работах ученые секвенировали образцы воды и песка с целью экомониторинга морских черепах. Подходы, основанные на секвенировании, позволяют определять источники ДНК из окружающей среды (environmental DNA, eDNA) — виды животных, растений, патогенных микроорганизмов. В новой работе авторы сопоставили ранее полученные данные секвенирования с эталонным геномом человека и во всех образцах нашли человеческие последовательности. Затем они подтвердили, что человеческая ДНК легко обнаруживается в городских водоемах Флориды и Ирландии, в пляжном песке (но не в океанской воде и не в песке с заповедной территории национального парка), а также в образцах воздуха из помещений. Более того, секвенирование определило мутации и гаплотипы, указывающие на происхождение индивида.

Ученые видят проблему в том, что такие данные не подлежат сейчас никакому правовому регулированию, их можно публиковать в открытом доступе в отличие от других генетических исследований, которые требуют санкций правоохранителей либо согласия человека. С другой стороны, неясно, как получать согласие в данном случае. А человека теперь возможно идентифицировать практически по выдоху в комнате, где он побывал один раз, утверждают авторы статьи, опубликованной в Nature Ecology and Evolution.

Активное развитие омиксных подходов ставит перед современной наукой задачу разработки методов процессинга и анализа данных, а также валидации этих методов. Для валидации алгоритмов обработки можно применять большие объемы данных с заданными параметрами. Для объективного контроля при таком подходе необходимы данные in silico, которые обладают заранее известными характеристиками и достоверно имитируют реальные данные, что требует наличия реалистичных симуляторов. На этой неделе в Nature Biotechnology представили статистический симулятор для генерации омиксных данных.

Симулятор, названный scDesign3, работает по принципу вероятностной модели и генерирует разнообразные синтетические датасеты, в том числе результаты анализа единичных клеток и пространственные омиксные данные. С помощью scDesign3 можно генерировать наборы данных, обладающих теми или иными параметрами в соответствии с заданной исследователем гипотезой. Кроме того, симулятор предлагает интерпретацию полученных данных, выводя биологически значимые параметры на основе правдоподобия для оценки соответствия предполагаемых кластеров клеток, траекторий и пространственных местоположений. Модель также генерирует отрицательные и положительные контроли для сравнительного анализа вычислительных инструментов.

Такой симулятор может стать полезным инструментом для разработки и дальнейшего улучшения алгоритмов анализа омиксных данных, поскольку на его выдачу можно опираться для оценки качества их работы.

В Европе эпидемии высокопатогенного гриппа птиц (ВПГП) раньше были сезонными, связанными с миграциями водоплавающих птиц. Однако с 2020 года картина изменилась, отмечают авторы статьи в Eurosurveillance. Вирусы ВПГП, в первую очередь подтипа гриппа A(H5) клады 2.3.4.4b, вызвали самые тяжелые эпидемии среди птиц: на европейских фермах было зарегистрировано более 14 000 вспышек и выбраковано около 96 миллионов птиц.

Помимо отхода от сезонности, наблюдается географическое расширение распространенности ВПГП в Юго-Восточную Азию, на север Европы, проникновение в Северную Америку через Исландию и Гренландию. Грипп A(H5N1) уничтожил более 40% популяции пеликанов в Чили и Перу (южноамериканские птицы ранее не встречались с этим вирусом). Авторы отмечают, что «быстрому распространению вирусов A(H5N1) во многие ранее незатронутые районы по всему миру и их успешному сохранению в летние месяцы, вероятно, способствовала продолжающаяся эволюция и рекомбинация с местными низкопатогенными птичьими вирусами, что привело к их адаптации к новым или ранее очень редко поражаемым видам диких птиц, таким как белощекие казарки или морские птицы». Кроме того, сообщается о передаче ВПГП различным видам млекопитающих.

Авторы отмечают, что риск для здоровья человека невелик — зарегистрированы лишь отдельные случаи инфекции, бессимптомные или с легкими симптомами. Однако инфицирование млекопитающих может повысить риск рекомбинации вирусов и их адаптации. Для борьбы с этой угрозой необходимы оперативный обмен информацией о вспышках и размещение геномных последовательностей вирусов в открытом доступе.

Для создания полноценной виртуальной реальности (VR) важна в том числе корректная передача запахов. Эта область VR пока остаётся одной из самых недоработанных и сильно отстает от технологий визуальных и акустических интерфейсов. Недавно ученые освоили новый уровень VR-технологий передачи запахов и разработали компактный беспроводной ольфакторный интерфейс для индивидуального ношения. Устройство закрепляется под носом пользователя, а принцип работы основан на использовании миниатюрных генераторов запахов, которые контролируемо выделяют небольшой объем нужного ароматического вещества. Малые размеры и индивидуальное ношение выгодно отличают новое устройство от применяемых обычно систем генерации запахов для виртуальной реальности, которые требуют громоздких конструкций, проводного подключения и больших объемов ароматических веществ, а также ограничены в скорости передачи или изменения запаха.

Поведение перелетной саранчи меняется на протяжении жизни — у взрослых особей этих прямокрылых чередуются одиночная и стадная фазы. В одиночную фазу насекомые избегают контактов с сородичами и потребляют относительно мало пищи, однако возрастание плотности популяции способно переменить их поведение всего за несколько часов. Перешедшие в стадную фазу особи становятся активней и агрессивней, а также начинают выделять феромоны, стимулирующие роение насекомых. Именно в стадной фазе у перелетной саранчи наблюдаются случаи каннибализма. Поведенческие эксперименты указывают на прямую зависимость между плотностью популяции и частотой каннибализма. Оказалось, что фенилацетонитрил (одно из веществ, выделяемых перелетной саранчой исключительно во время стадной фазы) ограничивает подобное поведение — при помощи редактирования генома ученые подтвердили, что в популяциях неспособной к выработке фенилацетонитрила перелетной саранчи каннибализм резко учащается. Авторы работы предполагают, что ингибирование выработки или восприятия этого вещества помогут ограничивать численность популяций перелетной саранчи.

После того, как Европейское патентное ведомство признало недействительным принадлежавший Illumina патент на реагенты для секвенирования, китайская компания MGI Tech объявила о расширении спектра доступной продукции на европейском рынке. Отзыв патента EP3002289 под названием «Модифицированные нуклеотиды для полинуклеотидного секвенирования» подразумевает, что MGI получила возможность поставлять в ряд стран Европы реагенты для секвенирования StandardMPS и CoolMPS. Эти реагенты, а также производимые MGI секвенаторы можно будет приобретать в Турции, Португалии, Австрии, Румынии, Финляндии, Греции, Венгрии и Бельгии. Ранее в перечисленных странах была доступна только линейка реагентов для секвенирования HotMPS.

Судебные тяжбы по поводу патентов между Illumina и MGI длятся не один год. Так, в прошлом году завершились споры, касающиеся регулирования патентного права в США, и MGI получила возможность вернуться на рынок Штатов.

Комментируя произошедшее, представитель Illumina отметил, что отозванный патент должен был истечь в августе 2023 года, поэтому его аннулирование не окажет критического влияния на патентный портфель компании. Кроме того, он упомянул, что решение Европейского патентного ведомства не скажется на других аналогичных патентах, на основании которых велись судебные споры между Illumina и MGI.

Как сообщает Reuters, Всемирная организация здравоохранения объявила, что COVID-19 больше не представляет собой глобальную чрезвычайную ситуацию в области здравоохранения, и это важный шаг на пути к окончанию пандемии, которая унесла жизни более 6,9 миллиона человек.

Накануне, 4 мая, генеральный директор ВОЗ Тедрос Аданом Гебреисус заявил на открытии 15-го заседания Чрезвычайного комитета ММСП по пандемии COVID-19, что тенденция к снижению еженедельно регистрируемых смертей от COVID-19 продолжается. В любую из последних 10 недель число смертей было самым низким с марта 2020 года. Эта тенденция позволила большинству стран вернуться к нормальной жизни и повысила способность систем здравоохранения справляться с потенциальными повторными вспышками. В то же время сохраняются некоторые критические неопределенности в отношении эволюции вируса, что затрудняет прогнозирование будущей динамики передачи или сезонности, отметил Тедрос Аданом Гебреисус.

По данным ВОЗ, недельный уровень смертности от COVID-19 снизился с пика более 100 000 человек в январе 2021 года до немногим более 3500 за неделю до 24 апреля.