Меню
Все темы
Перспективное направление молекулярной диагностики патогенов — padlock probes (PLP): концы зонда гибризизуются с мишенью навстречу друг другу, лигируются, а затем проводится амплификация катящегося кольца, что дает продукт, который легко детектировать. (Гибридизованный зонд на мишени напоминает дужку висячего замка, отсюда название.) На основе PLP можно создавать чувствительные и быстрые методы обнаружения патогенов, однако сложность состоит в выборе таргетного участка. Группа исследователей из Индии предлагает ПО для проектирования PLP под названием AutoPLP, которое автоматизирует дизайн зондов для различных групп патогенов. AutoPLP выполняет обработку данных о последовательностях, множественное выравнивание, анализ консервативности, фильтрацию по температуре плавления, содержанию GC и формированию вторичной структуры, а также проверку зонда in silico на потенциальную кроссгибридизацию с геномом хозяина. С помощью своего инструмента авторы создали PLP на вирус бешенства и лекарственно-устойчивые штаммы Mycobacterium tuberculosis.
Ранние исследования показали, что у женщин риск развития деменции выше, чем у мужчин. Частично это связано с тем, что женщины в среднем живут дольше. Однако возраст не может полностью объяснить наблюдаемый эффект. Международная группа ученых провела исследование, в которое вошли почти 30 000 человек из 18 стран. Оно показало, что повышенный риск деменции для женщин объясняется в том числе их сниженным экономическим и социальным статусом, особенно в странах с низким и средним уровнем дохода.
Авторы говорят о том, что женщины в этих странах не имеют равного доступа к образованию и профессиям, связанным с умственным трудом, а ведь именно они могут защитить от деменции. По словам одного из авторов, Санне Питерс из Имперского колледжа Лондона, женщины имеют меньше доступа к медицинской помощи и программам по снижению риска деменции. Свою роль играет также и домашнее насилие, особенно для женщин с низким социоэкономическим статусом, повышая психологический стресс и ухудшая финансовое состояние. Все это влияет на когнитивное здоровье. Похоже, что географические паттерны повышенного риска деменции у женщин отражает гендерное неравноправие, заключает она.
Международная команда ученых проанализировала риск сердечно-сосудистых осложнений для пациентов с COVID-19 в зависимости от их пола. Они работали с данными людей, поступивших в 74 больницы 13 стран в период с марта 2020 г. по май 2021 г. с подозрением на COVID-19 или с подтвержденной тестом инфекцией.
Из 11 167 пациентов, включенных в исследование, 3 423 имели выявленные ранее сердечно-сосудистые заболевания (ССЗ). Наиболее частыми сердечно-сосудистыми осложнениями COVID-19 оказались наджелудочковая тахикардия, легочная эмболия и сердечная недостаточность (декомпенсированная или возникшая de novo). При этом детальный анализ показал, что риск таких осложнений был выше для мужчин, чем для женщин, и он не зависел от истории ССЗ у пациента до COVID-19.
По мнению авторов, результаты работы демонстрируют важность половых различий во всех аспектах человеческого здоровья. Причины повышенной частоты сердечно-сосудистых осложнений COVID-19 у мужчин еще предстоит выяснить.
Работа опубликована в BMJ Medicine.
Биологические процессы связаны с циркадными ритмами клетки, поэтому физическая активность по-разному влияет на тело в зависимости от времени суток. Ученые из Швеции и Дании исследовали жировую ткань мышей после упражнений, выполненных в начале активной фазы (соответствует позднему утру у человека) и в начале фазы отдыха (соответствует позднему вечеру). Оказалось, что в первом случае метаболизм мышей активировался сильнее.
Авторы показали, что физическая активность в начале активной фазы повысила уровень экспрессии генов, вовлеченных в расщепление жировой ткани, термогенез и пролиферацию митохондрий. Это указывает на повышение скорости метаболизма. При этом эффект не зависел от потребления пищи. По словам авторов, можно предположить, что физические упражнения, выполненные поздним утром, более эффективны для сжигания жира, чем выполненные поздним вечером. Но для переноса данных, полученных на мышах, на человека нужны дополнительные исследования.
На ежегодном собрании Advances in Genome Biology and Technology Янг Ким, старший менеджер по продуктам в Pacific Biosciences предоставил информацию по платформе секвенирования Onso с короткими прочтениями, которая вскоре должна поступить в продажу. Комплект на 300 циклов с емкостью от 120 до 150 гигабаз будет стоить 1995 долларов (около 15 долларов за гигабазу); стоимость комплекта на 200 циклов с емкостью от 80 до 100 гигабаз — 1695 долларов (около 19 долларов за гигабазу). По словам Кима, фирма оптимизирует плотность кластеров, чтобы получить 800 млн считываний на проточную ячейку.
Янг Ким показал данные двух внутренних бета-тестирований, которые показали, что 90% секвенированных оснований имеют показатели качества, значительно превышающие Q40 (точность 99,99%). Он заявил, что в случае использования для раковых панелей, определяющих низкочастотные мутации, или других анализов типа «иголка в стоге сена» эта точность при более низком охвате обеспечивает такой же результат, как у других платформ для короткого считывания при высоком охвате. Ким продемонстрировал данные двух неназванных таргетных раковых панелей, для которых два неуказанных конкурента обычно используют покрытия 25 000 и 35 000. Onso обнаруживает мутации с аналогичной чувствительностью при покрытиях 6250 и 8750 соответственно, позволяя снизить расходы более чем вдвое. Кроме того, Ким показал данные исследования 10 000 отдельных клеток с использованием набора для анализа экспрессии генов 10x Genomics.
Компания «ИнтерЛабСервис» примет участие в Российском конгрессе по медицинской микробиологии и инфектологии, который состоится 2–3 марта в Москве.
Специалисты ИЛС продемонстрируют приборы китайского производителя Autobio Diagnostics, предназначенные для микробиологического анализа. На стенде компании будут доступны масс-спектрометр Autof MS 1000, анализатор гемокультур BC60 и автоматический анализатор чувствительности к антибиотикам AutoMic-i600. Вы сможете ознакомиться с принципами их работы, изучить входящее в комплект программное обеспечение и задать любые вопросы представителям компании. Приглашаем всех!
Место проведения конгресса: AZIMUT Сити Отель Олимпик Москва
Адрес: Олимпийский проспект, д.18/1
Время работы конгресса: 09:00–18:00
Стенд компании «ИнтерЛабСервис»: 01
Ознакомиться с программой конгресса и зарегистрироваться можно по ссылке>>
Проглатываемые беспроводные устройства можно использовать для диагностики заболеваний желудочно-кишечного тракта. В частности, о нарушениях можно судить по подвижности устройства в ЖКТ, однако для оценки этого параметра необходимо отслеживать локализацию устройства с высокой точностью.
Ученые из США предложили систему, которая позволяет определять местонахождение устройства в ЖКТ крупных животных в реальном времени с миллиметровым разрешением. Система состоит из капсулы с миниатюрным сенсором, планарных электромагнитных катушек и внешнего устройства, принимающего сигнал. Катушки создают градиент электромагнитного поля, сенсор улавливает и передает свое локальное электромагнитное поле, а устройство-приемник по этому показателю картирует сенсор в ЖКТ. Систему успешно протестировали на свиньях. Она определяла местонахождение сенсора с точностью около 2 мм, при этом катушки должны были находиться на расстоянии не меньше 60 см.
По скорости продвижения сенсора врачи смогут определить, в каком именно отделе ЖКТ затруднено пищеварение. Команда надеется наладить производство системы и более детально охарактеризовать ее в экспериментах на животных.
Работа опубликована в Nature Electronics.
Всероссийская научно-практическая конференция «Лабораторная онкогенетика. Проблемы и перспективы» состоится 17–18 февраля 2023 года в Екатеринбурге, в гостинице Новотель, адрес: ул. Энгельса, д. 7.
Конференция пройдет в двух форматах: онлайн (ссылка на подключение ниже) и очно.
В первую очередь она ориентирована на специалистов, занимающихся лабораторной диагностикой онкологических и онкогематологических заболеваний. Конференция будет посвящена обмену опытом, поиску решений актуальных технологических проблем, выработке единых подходов к генодиагностике в онкологии и онкогематологии.
Основные направления конференции:
1. Молекулярно-генетическая диагностика в повседневной онкологической практике
2. Существующие проблемы молекулярно-генетического тестирования
3. Высокопроизводительное секвенирование. Сложности и перспективы
4. Возможности импортозамещения и новые «игроки» на российском рынке
5. Проблемы государственного регулирования молекулярно-генетических исследований в онкологии и онкогематологии
Ссылка на подключение 17.02.2023
https://events.webinar.ru/event/2046918289/1747987444/
Ссылка на подключение 18.02.2023
https://events.webinar.ru/event/1863968073/1206462242/
Средиземноморская диета благотворно влияет на уровень глюкозы в крови и общий кардиометаболический профиль. У беременных она снижает риск гестационного диабета, гипертонии, преждевременных родов. Чтобы оценить соблюдение средиземноморской диеты, обычно используют информацию, которую сообщает сам человек, но она не всегда бывает точной. В журнале Clinical Nutrition опубликованы результаты исследования 186 беременных женщин, для которых оценивали корреляцию между метаболитами крови и диетой.
Приверженность средиземноморской диете оценивалась в баллах на основе данных о потреблении овощей, бобовых, фруктов и орехов, молочных продуктов, злаков, мяса и мясных продуктов, рыбы, алкоголя и соотношения мононенасыщенных и насыщенных жиров. В образцах крови измеряли более 400 метаболитов методом масс-спектрометрии и определили несколько десятков ключевых метаболитов, связанных прямой или обратной зависимостью со средиземноморской диетой, в том числе липиды плазмы, аминокислоты и сахарные спирты (ликситол и ксилит).
Эмбрионам, созданным с помощью ЭКО, можно провести скрининг на гены заболеваний, что снижает риск рождения больного ребенка. Однако большинство человеческих признаков полигенны. Преимплантационное генетическое тестирование на полигенный риск (PGT-P) выражает вероятность возникновения того или иного фенотипа с помощью полигенных индексов (показателей полигенного риска). Таким способом можно пытаться определить не только риск развития рака, но и возможный уровень образования, которое получит ребенок. Известно, что этот показатель сильно зависит от генетических факторов.
PGT-P доступно по всему миру, но законодательно обычно не регулируется и привлекает гораздо меньше внимания, чем редактирование генов зародышевой линии с помощью CRISPR (хотя второе пока недоступно). В Science опубликованы результаты общенационального исследования отношения к PGT-P и редактированию генов, проведенного в США. Респондентов спросили, насколько вероятно, что они будут использовать полигенный скрининг, CRISPR-редактирование генов или стандартный курс подготовки к тесту SAT, чтобы увеличить шансы своего ребенка на поступление в один из 100 лучших колледжей. Большинство (68%) заявили, что скорее будут использовать подготовку к SAT, чем нет; 28% допустило возможность редактирования генов ребенка, 38% — возможность полигенного скрининга. Люди, которым сказали, что большинство людей выбрали ту или иную услугу, чаще отвечали, что тоже выбирают ее. Образованные люди моложе 35 лет (лучший возраст для деторождения) оказались более склонными к использованию PGT-P.
Авторы обращают внимание на то, что эта технология может усугубить неравенство в отношении здоровья или социального положения. С другой стороны, ранее они же предупреждали, что пациенты и даже врачи могут переоценивать эффективность полигенного скрининга.
