Коротко

Передача вируса птичьего гриппа воздушным путем оценивалась на рынках живой птицы и фермах, но до сих пор не было уделено достаточно внимания содержанию вируса в воздухе, окружающем зимовья перелетных видов. Тайваньские ученые решили восполнить этот пробел. С помощью количественной ПЦР в реальном времени они проанализировали 357 образцов воздуха с болот Аогу (Тайвань), собранных в период с октября 2017 по декабрь 2019. Также оценивалось воздействие различных факторов окружающей среды на концентрацию вирусов птичьего гриппа, в том числе загрязнение воздуха, метеорологические параметры и виды птиц.

Исследование охватило три типа вируса гриппа А: H5, H7, H9. Оказалось, что более низкие температуры ассоциируются с более высоким содержанием в воздухе H7 и H9. Концентрация этих же вирусов повышалась вместе с прилетом птиц из порядков гусеобразные, ржанкообразные и пеликанообразные. Работа может лечь в основу нового подхода к мониторингу птичьего гриппа.

Китайская компания GeneMind Biosciences запускает одномолекулярный секвенатор GenoCare 1600. Пока неясно, планируются ли продажи за пределами Китая. Настольный секвенатор вмещает одну проточную ячейку с 16 независимыми дорожками. Прибор может производить 240 миллионов считываний за цикл, генерируя 8–12 Гб данных с длиной считывания 36–75 оснований на одном конце. Время секвенирования — около 24 часов.

Прибор использует технологию SURF-seq — это секвенирование путем синтеза, однако отличие GenoCare в том, что процесс не включает ПЦР-амплификацию. Фрагментированную ДНК образца можно загрузить прямо в ячейку. Платформу GenoCare на основе технологии Helicos BioSciences первоначально разработала компания Direct Genomics, основателем которой был Хэ Цзянькуй, приговоренный к тюремному заключению за редактирование геномов эмбрионов двух девочек-близнецов, напоминает GenomeWeb. GeneMind не ответила на запрос GenomeWeb о том, является ли она прямым преемником Direct Genomics.

Платформа GenoCare в Китае одобрена для выявления трисомий при неинвазивном пренатальном тестировании (НИПТ), но не для полногеномного клинического секвенирования. Возможны также применение для обнаружения вариаций числа копий (CNV), преимплантационного генетического тестирования на анеуплоидии (ПГТ-А), прямое секвенирование РНК, таргетное секвенирование генов, ассоциированных с раком

Вирус денге заражает до 400 миллионов человек в год и около 20 тысяч умирают. В 2023 году в Индонезии должна появиться вакцина против лихорадки денге, пишет Nature. Вакцина Qdenga, разработанная фармкомпанией Takeda со штаб-квартирой в Токио, — первая, которую могут использовать люди, ранее не инфицированные. Это двухдозовая инактивированная вакцина на основе вируса серотипа DENV-2, содержащего также гены ключевых белков остальных трех серотипов. В августе 2022 года индонезийский регулятор лекарственных препаратов одобрил использование вакцины без тестирования на предыдущий контакт с вирусом. Европейский регулятор также рассматривает возможность одобрения вакцины без тестирования.

Единственную вакцину, одобренную до Qdenga, — Dengvaxia, разработанная Sanofi,— можно вводить только людям, которые ранее были инфицированы. У лиц без истории инфекции Dengvaxia может вызывать редкое, но серьезное осложнение при последующем заражении вирусом денге — антителозависимое усиление инфекции (об этой истории и о подобных опасениях, связанных с вакцинами против COVID-19, — на PCR.NEWS.)

Не все согласны с тем, что для новой вакцины такая возможность исключена. «Я была очень разочарована и удивлена тем, что правительство Индонезии одобрило [вакцину без ограничений]», — говорит Аравинда де Силва, вирусолог из Университета Северной Каролины в Чапел-Хилл, которая сотрудничала с Takeda и другими разработчиками вакцины против лихорадки денге. Представитель Takeda, в свою очередь, напоминает, что данные клинических испытаний были собраны у более чем 28 000 человек за 4,5 года, что соответствует рекомендациям Всемирной организации здравоохранения.

За последние годы использование триклозана и триклокарбана в топикальных антисептиках снизилось, так как считается, что они вредят окружающей среде. Их место в мыле и других продуктах занимают хлорид бензалкония, хлорид бензетония и хлороксиленол. Ученые из США проверили, возникают ли экологические риски при применении этих веществ. Они сфокусировались на водных системах, в которые поступают стоки от растений, получающих воду из очистных сооружений, а также наземных системах, в которых применяется осадок сточных вод. Используя данные экологического мониторинга и исследований токсичности антисептиков для водных организмов, водорослей, наземных животных, растений и почвенных микробных сообществ, ученые построили модель воздействия новых веществ на окружающую среду и профили их токсичности. Согласно результатам моделирования, ни одно из трех веществ не оказывает побочных эффектов на экосистемы. По мнению авторов, работа особенно актуальна сейчас, в эпоху COVID-19, когда потребление антисептиков значительно возросло.

Корпорация Bruker объявила о приобретении производителя минископов для визуализации мозга свободно двигающегося животного — компанию Inscopix. Финансовая сторона сделки не разглашается.

Компания Inscopix создала сегмент головной микроскопии живых животных, сообщили в Bruker. Методы визуализации ионов кальция и оптогенетики в комплексе с регистрацией in vivo создают уникальный инструмент для изучения корреляций между поведением и функциями мозга. Минископы Inscopix используют для исследований в области неврологии, как в научных центрах, так и в биофармацевтических компаниях.

Приобретение усилит позиции Bruker как поставщика решений для функциональной визуализации мозга in vivo с помощью многофотонных микроскопов Ultima на клеточном уровне и доклинических систем МРТ на уровне организма.

«Мы создали экосистему продуктов для исследований в области нейробиологии, от реагентов и оптимизированных решений для рабочих процессов до полного конвейера для анализа. Это приобретение способствует нашей миссии по лучшему пониманию нейронных схем, лежащих в основе функций и поведения мозга, и поможет нашим партнерам-биофармацевтам в разработке новых нейротерапевтических препаратов», — заявил основатель и генеральный директор Inscopix Кунал Гош.

Ожидается, что выручка Inscopix в 2022 финансовом году составит порядка $20-25 млн.

В работе участвовали исследователи из Бристоля, Кембриджа и Лондона, а также британской Национальной службы здравоохранения по крови и трансплантации, сообщает CNBC. Из обычной донорской крови получили стволовые клетки, из которых вырастили эритроциты в жидкой среде. Затем клетки очистили с помощью такого же фильтра, который используется для очистки донорской крови.

Небольшие дозы таких эритроцитов получили два пациента. Это первый этап клинического исследования, в дальнейшем выращенные in vitro эритроциты получат 10 пациентов — две порции по 5-10 мл с интервалом не менее четырех месяцев. При этом будет оценена продолжительность жизни эритроцитов в организме по сравнению с клетками обычной донорской крови. (Эритроциты, выращенные в культуре, несут безопасную радиоактивную метку.)

Цель этой технологии не в том, чтобы заменить обычное донорство. Она позволяет воспроизводить очень редкие группы крови, которых всегда не хватает, но которые жизненно необходимы людям с такими заболеваниями, как серповидноклеточная анемия.

Twist Bioscience и Illumina заключили соглашение о совместном продвижении панели Exome 2.0 Plus, которая может использоваться на секвенаторах Illumina. Согласно условиям сделки, Twist будет производить панели Exome 2.0 Plus, которые Illumina будет продавать под брендами Illumina и Twist.

Панель представляет собой самый актуальный набор данных Twist о генах, кодирующих белки, вариантах, ассоциированных с заболеваниями, а также некодирующих вариантах для исследовательских применений. Ее использование обеспечит максимальный охват целевых последовательностей с минимальных количеством пустых считываний, заявляет представитель. Exome 2.0 Plus лидирует на рынке экзомного секвенирования, заявил представитель Illumina.

В качестве готового решения для подготовки библиотеки и обогащения экзома для исследовательских целей Illumina предложит панель Exome 2.0 Plus вместе со своими реагентами (Illumina DNA Prep with Enrichment).

Компания Thermo Fisher Scientific представила новый инструмент, который назвала метрикой геномной нестабильности (GIM) — алгоритм определения дефицита гомологической рекомбинации (HRD) на основе панели для таргетного секвенирования Oncomine Comprehensive Assay Plus (OCA), охватывающей более 500 генов. Thermo Fisher уже предоставила четырем исследовательским группам ранний доступ к GIM.

Алгоритм позволяет изучить сегментацию генома с определением изменения числа копий, аллелеспецифичного числа копий и событий несбалансированного числа копий; результат может быть представлен в виде оценки от 1 до 99. Эта оценка дает возможность сделать вывод, имеют ли образцы рака молочной железы дефицит гомологической рекомбинации, пояснил старший директор по управлению продуктами для онкологии в Thermo Fisher Джон Шерлок.

Комплексный анализ OCA Plus в настоящее время можно выполнять на секвенаторе Ion Torrent GeneStudio. Планируется, что в первой половине 2023 года Thermo Fisher перенесет его на систему секвенирования Ion Torrent Genexus. В ближайшее время оценки GIM будут доступны для профилирования рака на платформе GeneStudio.

При образовании биопленок бактерии выделяют внеклеточный матрикс, чтобы прикрепиться к субстрату. Уропатогенные штаммы Escherichia coli и некоторые другие энтеробактерии продуцируют белок Curli в составе внеклеточного матрикса. Он делает биопленки прочными и устойчивыми к антимикробным препаратам. Авторы новой статьи, опубликованной в Scientific Reports, проверили, может ли кофеин ингибировать образование биопленок E. coli. Они работали с уропатогенным штаммом CFT073 и комменсальным штаммом K12 MG1655. Кофеин продемонстрировал умеренную антимикробную активность, что соответствует литературным данным, и мощную ингибирующую активность по отношению к образованию биопленок. Дальнейший анализ показал, что кофеин подавляет биогенез Curli, связываясь с регуляторным белком CsgD. По мнению авторов, кофеин потенциально может использоваться в терапии инфекций, связанных с образованием биопленок.

Ученые из Университета Джонса Хопкинса с коллегами из других научных центров США разработали новый метод изотермической амплификации, использующий инженерную хеликазу PcrA M6 и белок SSB, который связывает одноцепочечную ДНК. Метод получил название SHARP (SSB-Helicase Assisted Rapid PCR). Реакция протекает при 65°C. Хеликаза расплетает ДНК, на одноцепочечные фрагменты садится белок SSB, после чего происходит отжиг праймеров и начинает работать полимераза. Ученые утверждают, что новая хеликаза заменяет нагрев, который использует для денатурации ДНК в классической ПЦР, что позволяет повысить скорость и эффективность амплификации. С помощью SHARP можно получать ампликоны размером до 6 000 п. о. Ученые продемонстрировали возможность использования метода для амплификации таргетных участков ДНК из человеческих клеток и для оценки последствий редактирования генома с помощью системы CRISPR-Cas9. По их словам, SHARP имеет преимущества перед другими методами изотермической амплификации, одно из которых — значительно увеличенная длина продуктов реакции.

В настоящее время идет работа над коммерциализацией технологии. Ученые из лаборатории профессора Универсистета Джинса Хопкинса Тэкджипа Ха создают стартап SHARP Diagnostics. Их бизнес-план получил награду на соревновании HopStart. По словам Ха, статья о новом методе, опубликованная в Nature Communications, вызвала живой интерес в научном сообществе. «Если можно будет заменить ПЦР-машины этим методом в большинстве приложений, для которых люди используют ПЦР, это будет большим достижением», — говорит он.