Коротко

Команда под руководством ученых из Куинс-колледжа Городского университета Нью-Йорка обнаружила в сточных водах Нью-Йорк-Сити геномные последовательности, которые не соответствуют ни одной известной линии коронавируса SARS-CoV-2.

Авторы проводили глубокое секвенирование кодирующей последовательности рецепторсвязывающего домена S-белка SARS-CoV-2 и обратили внимание на загадочные линии SARS-CoV-2, которые отсутствуют в базе данных GISAID. Эти линии содержат мутации, редко встречающиеся в клинических образцах, например Q493K, Q498Y, E484A и T572N, а также имеют много общих мутаций с омикроном. Некоторые из мутаций расширяют тропность псевдовирусов, имеющих подобный S-белок: такие псевдовирусы могут инфицировать клетки не только с человеческим, но и с мышиным или крысиным рецептором ACE2. Кроме того, эти псевдовирусы устойчивы к нейтрализующим моноклональным антителам.

Источником криптической линии может быть как инфицированный человек, так и животное, например крыса. Сомнительно, что загадочный вирус может представлять опасность для людей, поскольку он циркулирует в течение как минимум года. Как сообщили исследователи The New York Times, эта линия неоднократно обнаруживалась на нескольких очистных сооружениях, и они обратились с запросами в медицинские учреждения этих районов, но ответов не получили.

«На сегодня мы не видели этих вариантов у пациентов в Нью-Йорке», — сказал Майкл Ланца, представитель Департамента здравоохранения и психической гигиены Нью-Йорка. Однако аналогичные последовательности были найдены в одном из калифорнийских канализационных стоков, сказала Роуз Кантор, микробиолог из Калифорнийского университета в Беркли.

Ранее дефицит витамина D уже связывали с рядом аутоиммунных, сердечно-сосудистых и инфекционных заболеваний. В исследовании, опубликованном в журнале PLOS ONE, ученые из Израиля показали связь между недостатком витамина D, тяжестью протекания COVID-19 и смертностью. 

В исследовании принимали участие люди, у которых уровень витамина D был известен до заболевания. Пациенты с дефицитом (менее 20 нг/мл) в 14 раз чаще тяжело переносили COVID-19, чем пациенты с уровнем витамина D более 40 нг/мл. Кроме того, смертность среди пациентов без дефицита витамина составила 2,3%, а с дефицитом — 25,6%.

Команда Dog Aging Project рассказала в Nature о сути проекта и его целях. Проект представляет собой длительное исследование старения десятков тысяч домашних собак разных пород и размеров. Он стартовал в 2018 году. В процессе исследования будут сформированы открытые базы данных, полезные для ветеринаров и ученых.

В рамках проекта будут определены нормы старения собак в зависимости от породы, размера и пола, генетические и внешние факторы заболеваемости и смертности домашних собак; будет разработана панель прогностических биомаркеров; будут найдены способы продлить продолжительность здоровой жизни. В частности, планируется GWAS, посвященный долгожительству собак.

Проект будет работать не менее 10 лет. К «стае DAP» уже присоединились более 32 000 собак.

В настоящее время в Европе наблюдается гибель леса, связанная с изменением климата. Одновременно с этим происходит уменьшение биомассы насекомых. Ученые проверили, как отмирание деревьев влияют на сообщества летающих насекомых, используя ДНК-метабаркодирование. Работа проводилась в лесах французских Пиренеев, где доминирует пихта белая. Ученые расставили ловушки на 56 лесных участках с разной степенью отмирания и в период с поздней весны до ранней осени 2017 года собрали 222 образца насекомых. Для ДНК-метабаркодирования был выбран участок митохондриального гена COI. Анализ данных секвенирования выявил около 3 000 видов насекомых. Оказалось, что гибель леса не влияет на количество видов, но состав образцов изменяется в зависимости от состояния деревьев. Так, присутствие двукрылых и перепончатокрылых ассоциировалось с высокой степенью отмирания леса. При этом вместе с гибелью деревьев происходила потеря редких видов насекомых. Санитарная рубка не влияла на состав сообщества насекомых и в целом была средством сохранения среды и биоразнообразия.

Авторы отмечают, что ДНК-метабаркодирование — эффективный способ мониторинга сообществ насекомых.

Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC, США) опубликовали отчет по заболеваемости COVID-19 и госпитализациям пациентов в возрасте 18 лет и старше в округе Лос-Анджелес, Калифорния.

В период с 7 ноября 2021 года по 8 января 2022 года в округе было зафиксировано 422 966 случаев COVID-19; 141 928 (33,6%) пациентов не были вакцинированы. При этом 2,8% невакцинированных были госпитализированы, 0,5% потребовалась интенсивная терапия, 0,2% — механическая вентиляция легких. Для полностью вакцинированных по двухдозовой схеме эти показатели составили 1,0%, 0,12% и 0,05% соответственно; для полностью вакцинированных и получивших бустерную дозу — 0,7%, 0,08% и 0,03%. В период наблюдения преобладающий штамм сменился с дельты на омикрон. Это сопровождалось ростом заболеваемости и госпитализаций среди всех категорий населения, независимо от вакцинного статуса. Однако среди невакцинированных число случаев инфекции и госпитализаций было в 3,6 и 23,0 раза выше, чем среди полностью вакцинированных и получивших бустер, и в 2,0 и 5,3 раза выше, чем среди полностью вакцинированных.

Китайские ученые сравнили способность к репликации и клеточный тропизм у штаммов SARS-CoV-2 дикого типа, D614G, альфа, бета, дельта и омикрон. Эксперименты проводились ex vivo на тканях человеческих бронхов и легких. Оказалось, что омикрон реплицируется в клетках бронхов быстрее остальных штаммов. При этом его репликация в паренхиме легких была менее эффективна. Клеточный тропизм всех штаммов не отличался от такового для вируса дикого типа. Омикрон зависел от клеточных катепсинов больше остальных, а значит, можно предположить, что он проникает в клетку по иному пути, чем другие штаммы. Сниженная способность омикрона к репликации в легких может объяснить менее тяжелое течение инфекции, вызванной этим штаммом.

Ученые из Великобритании разработали новый подход к терапии труднодоступных опухолей мозга под названием MINIMA (от minimally invasive image-guided ablation). Метод заключается в том, что ферромагнитное «семя» размером в 2 мм вводят в мозг, после чего двигают его к опухоли с помощью магнитных полей, создаваемых аппаратом для МРТ. Когда «семя» достигает опухоли, его нагревают радиоволнами, что уничтожает окружающие ткани. Процедуру повторяют, пока опухоль не исчезнет. Эффективность подхода показали на мышиной модели.

МРТ-сканер позволяет наблюдать и контролировать процесс, не прибегая к операции на мозге. Авторы исследования считают, что новый подход поможет снизить вред, наносимый окружающим тканям при удалении опухоли, и продлить время жизни пациентов. Тот же метод можно использовать при лечении рака простаты. В будущем ученые планируют изменить форму «семени», чтобы оно действовало, как маленький скальпель.

Вирус гепатита E (HEV) — самая распространенная причина развития острого вирусного гепатита в мире. Механизм передачи вируса — фекально-оральный, поэтому особое место в предотвращении заболевания занимает гигиена. Ученые и специалисты в сфере производства показали, что большая часть обычных дезинфицирующих средств, содержащих этанол и пропанол, не инактивирует вирус полностью.

Обычно вирус не имеет оболочки, но в крови пациента его окружают липиды. Некоторые дезинфицирующие средства, содержащие спирт, разрушают липидную оболочку, однако это не лишает сам вирус способности к заражению. Для полной нейтрализации нужно средство, содержащее фосфорную кислоту и спирт. Это особенно важно при взаимодействии с пациентами и зараженными животными.

В American Journal of Transplantation описан случай успешной пересадки почки от донора, который погиб от тяжелой дыхательной недостаточности, связанной с COVID-19. До сих пор органы пациентов, погибших от коронавирусной инфекции, не использовались для пересадки, так как специалисты опасались передачи вируса реципиенту.

Команда из Медицинской школы при Университете Джонса Хопкинса работала с 30-летней пациенткой, которая поступила в больницу с тяжелой пневмонией и положительным ПЦР-тестом на SARS-CoV-2. Причиной ее смерти стало гипоксическое повреждение мозга. Почки функционировали стабильно все время госпитализации. Реципиент, 55-летний мужчина с терминальной стадией почечной недостаточности, получил левую почку женщины. Перед трансплантацией биопсийный образец почки проверили на наличие РНК SARS-CoV-2 с помощью гибридизации in situ и количественной ОТ-ПЦР. Ткани аорты, извлеченной при изъятии почки, также проверили на нуклеиновые кислоты вируса. Для всех тканей донора результаты тестов были отрицательными.

Реципиента тестировали на коронавирус на 20, 30 и 90 дни после пересадки почки. Почка отлично прижилась и нормально функционировала в течение по крайней мере девяти месяцев после трансплантации. По мнению авторов, риск передачи коронавируса через донорские органы (кроме легких) очень низкий, однако необходимы более масштабные исследования, а также длительное наблюдение за состоянием трансплантатов, полученных от доноров с COVID-19.

Закончился вебинар «Омикрон в России и в мире: эпидемиология, диагностика и особенности клинического течения». Дарья Даниленко, зам. директора по научной работе НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева (Санкт-Петербург), перечислила особенности штаммов коронавируса SARS-CoV-2, вызывающих обеспокоенность, от альфы до омикрона. Вариант омикрон распространяется быстрее всех ранее известных VOC, вызывает стремительный рост числа новых случаев, в частности, среди детей и подростков. Однако число тяжелых случав, по европейским данным, снижено. Важно, что омикрон генетически неоднороден — помимо наиболее известной сублинии ВА.1, распространяется конкурирующая ВА.2, и не исключено, что она может вызвать новый подъем.

Россия отстает по секвенированию геномов коронавируса: секвенируется лишь каждый тысячный случай, отметил профессор Сколтеха Георгий Базыкин. Он рассказал о том, как была расшифрована декабрьская вспышка COVID-19, в студенческом общежитии, — одна из первых «омикронных» вспышек в Санкт-Петербурге.

Герман Шипулин, заместитель генерального директора по научно-производственной деятельности ФГБУ «ЦСП» ФМБА России, представил ПЦР-тест-системы, различающие варианты дельта и омикрон. Эти тесты играют важнейшую роль в мониторинге распространения штаммов, поскольку они намного дешевле, чем секвенирование. Но идентификация штамма может быть полезна и отдельным больным, поскольку клиника омикрона и дельты сильно различаются.

О клинике COVID-19, вызванного омикроном, и группах риска рассказал Александр Арутюнов, генеральный секретарь Евразийской ассоциации терапевтов. Не следует расслабляться и надеяться на легкое течение, подчеркнул он: «Любой клиницист должен держать в голове группы риска». Это прежде всего люди с избыточным весом и сопутствующими заболеваниями. К сожалению, омикрон ускользает не только от иммунного ответа организма, но и от большинства терапевтических моноклональных антител: врачи лишились мощного оружия в борьбе с COVID-19.

Подробнее об этих и других докладах PCR.NEWS расскажет в ближайшее время. Также будет доступна запись вебинара.