Коротко

В Chinese Medical Journal опубликован предварительный отчет о первой и второй фазах клинических испытаний инактивированной вакцины KCONVAC против COVID-19. Препарат разработан китайскими компаниями Shenzhen Kangtai Biological Products и Beijing Minhai Biotechnology. В испытаниях приняли участие взрослые китайцы в возрасте 18–59 лет. Иммунизация проводилась по двухдозовой схеме. В первой фазе 60 человек были случайным образом распределены в группы 5 или 10 мкг вакцины или плацебо. Во второй фазе приняли участие 500 человек; на этом этапе тестировали не только различную дозировку, но также различные интервалы между двумя дозами (14 или 28 дней) в сравнении с плацебо. Обе дозы в целом переносились хорошо. Единственное серьезное побочное явление было зарегистрировано у одного из участников фазы 1, но оно не было связано с вакциной. Сероконверсия с выработкой нейтрализующих антител после второй дозы произошла у 83–100% участников групп вакцины. Нейтрализующие титры были выше при введении второй дозы через 28 дней после первой, при этом 5 мкг препарата было достаточно для мощного антительного ответа. Именно такая схема — две дозы по 5 мкг с интервалом 28 дней — была выбрана для оценки эффективности KCONVAC в фазе 3 клинических испытаний. Препарат уже одобрен в Китае.

Ранее сообщалось о высокой эффективности инактивированных вакцин китайской компании Sinopharm против тяжелой формы COVID-19.

Израильские ученые оценили эффективность одной дозы вакцины BNT162b2 (Pfizer/BioNTech) и опубликовали результаты в JAMA Network Open. Целью работы было сравнение характеристик BNT162b2, полученных в клинических испытаниях и в реальных условиях. Ученые проанализировали данные 503 875 индивидов, получивших первую дозу препарата в ходе массовой вакцинации. Для 351 897 из них были доступны данные наблюдения до 13–24 дня после укола. В 1–12 дни после прививки инфекция SARS-CoV-2 была выявлена у 2 484 человек, в 13–24 дни — у 614. По данным статистического анализа, заболеваемость в эти периоды составляет 43,41 случая на 100 000 человек и 21,08 случая на 100 000 человек соответственно, то есть относительный риск COVID-19 снижался со временем на 51,4%. Результаты для отдельных подгрупп (люди моложе 60 лет и от 60 лет и старше, мужчины и женщины и т. д.) были схожи с таковыми для общей выборки. Эффективность одной дозы BNT162b2 против симптоматического COVID-19 составила 54%. По словам авторов, полученные результаты согласуются с результатами фазы 3 рандомизированных клинических испытаний вакцины.

Ранее в реальных условиях была подтверждена эффективность полной схемы BNT162b2.

В понедельник, 7 июня, компания Biogen объявила об одобрении препарата ADUHELM (адуканумаб) в США по ускоренной процедуре. Препарат представляет собой человеческое моноклональное антитело, направленное на бета-амилоиды. На сегодня это первое и единственное зарегистрированное средство против болезни Альцгеймера, которое борется именно с амилоидной патологией.

Адуканумаб — лекарство со сложной историей. В 2015 году Biogen в партнерстве с Eisai запустили два крупных клинических испытания, по результатам которых препарат был признан неэффективным. Однко в конце 2019 года компания пересмотрела результаты и снова подала заявку в FDA. Управление поддержало одобрение препарата, несмотря на то, что, по мнению независимого комитета, данных о его эффективности было недостаточно.

Адуканумаб прошел два испытания фазы 3, EMERGE и ENGAGE, а также двойное слепое плацебо-контролируемое испытание фазы 1b (PRIME). Уровень отложения амилоидов у испытуемых снизился на 71%, 59% и 61% соответственно. Условия ускоренного одобрения предполагают, что Biogen проведет еще одно контролируемое испытание, чтобы подтвердить клиническую выгоду препарата для пациентов с болезнью Альцгеймера.

По словам представителей Biogen, адуканумаб предназначен для пациентов с ранней стадией болезни Альцгеймера амилоидными бляшками. Инфузии препарата должны проводиться ежемесячно. Врачи ожидают большой спрос на адуканумаб. Перед назначением пациент должен будет пройти обследование для подтверждения отложения амилоидов.

Испанские ученые предлагают использовать коровье молоко, содержащее антитела к коронавирусу крупного рогатого скота (BCoV), в борьбе с COVID-19. SARS-CoV-2 и BCoV филогенетически очень близки, и сравнение эпитопов их S-белков выявило значительную степень гомологии. Авторы считают, что велика вероятность кросс-реактивности гуморального и клеточного иммунитетов к этим вирусам. Коровье молоко относится к так называемым функциональным продуктам питания. Содержание белков в молоке может превышать 30 г/л, при этом концентрация иммуноглобулинов IgG составляет чуть менее 1 г/л. IgG из коровьего молока, остаются функционально активными в условиях желудочно-кишечного тракта человека, что делает возможной пассивную иммунизацию. Исследований активности антител к BCoV по отношению к SARS-CoV-2 пока не проводилось, но ученые считают, что их соображения служат достаточным основанием для старта таких работ.

Новую схему именования штаммов предложила 31 мая Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ). Подробно она описана в статье, которая будет опубликована в журнале Nature Microbiology. Штаммам присвоены греческие буквы во избежание путаницы и географической стигматизации. Так, штамм B.1.1.7 давно распространился за пределы Великобритании, и нет смысла называть его «британским».

Названия известных штаммов, вызывающих опасения, по новой номенклатуре:

— B.1.1.7 (впервые идентифицирован в Великобритании, сентябрь 2020 г.) — альфа;

— B.1.351 (ЮАР, май 2020 г.) — бета;

— P.1 (Бразилия, ноябрь 2020 г.) — гамма;

— B.1.617.2 (Индия, октябрь 2020 г.) — дельта.

«Диктору намного проще сказать "дельта", чем "бэ-один-шесть-один-семь-два"», — заметил Джеффри Барретт, возглавляющий работы по секвенированию SARS-CoV-2 в Институте Уэлком—Сэнгера (Великобритания).

Blastim и PCR.NEWS приглашают на практический курс «Анализ NGS-данных». Даты проведения: 5–9, 12–16 июля 2021 года. В рамках курса биологи, биоинформатики и программисты смогут получить опыт работы с NGS-данными.

Вас ждут:

— 9 актуальных тем, включая single-cell RNA-seq и гибридную сборку c Illumina и Oxford Nanopore;

— 30 часов лекций;

— 36 часов практики;

— 124 часа для самостоятельной работы на сервере.

После интенсива участники выполняют домашний проект по одной из тем: сборка и анализ данных полногеномного секвенирования, РНК-секвенирование или single-cell RNA-seq. Курс и домашний проект создают комплексное погружение в анализ NGS-данных почти на три недели!

Что нового в программе?

— появился блок по анализу генома эукариот;

— практикум по сборке теперь пойдет на гибридных данных с Illumina и Oxford Nanopore;

— на РНК секвенирование выделили два полных дня.

Ознакомиться с программой и зарегистрироваться на курс можно по ссылке.

До 16 июня воспользуйтесь кодовым словом SERVERNGS при регистрации и получите в подарок трек-лист «Как настроить дружественное окружение на сервере под анализ NGS-данных»!

Врачи и ученые из США проверили, влияет ли добавление ко-тримоксазола или доксициклина к стандартной терапии на частоту госпитализаций из-за респираторных нарушений и смертей по любой причине среди пациентов с идиопатическим легочным фиброзом (ИЛФ). В рандомизированном клиническом исследовании приняли участие 513 пациентов с ИЛФ старше 40 лет. 254 из них получали антибиотики, 259 — только обычное лечение. Среднее время наблюдения составило 13,1 месяца. За это время в группе антибиотиков случилось 52 госпитализации или смерти, в группе обычного лечения — 56 таких событий. По результатам статистического анализа, частота госпитализаций и смертей составила 20,4 на 100 человеко-лет при добавлении антибиотиков и 18,4 на 100 человеко-лет без них. Разница между показателями статистически не значима, то есть нет смысла назначать ко-тримоксазол или доксициклин при ИЛФ. Результаты опубликованы в JAMA.

Исследователи под руководством Рудольфа Йениша и Ричарда Янга в конце 2020 года опубликовали на bioRxiv препринт статьи, в котором сообщалось, что ДНК-копии участков генома SARS-CoV-2 могут встраиваться в геном клеток человека (подробнее на PCR.NEWS). Они связали это с активностью обратной транскриптазы мобильных элементов LINE-1. Доработанная версия статьи была опубликована в PNAS. 

Теперь австралийские ученые секвенировали на приборе Oxford Nanopore Technologies (ONT) геномы клеток HEK293T, инфицированных SARS-CoV-2, с покрытием более 50х. Они не нашли никаких доказательств интеграции ДНК-копий вирусного генома в геном клеток. Авторы статьи, размещенной на biorXiv, также собрали полные последовательности 78 вставок LINE-1, возникающих в клетках в отсутствие системы сверхэкспрессии этого мобильного элемента, которую использовали Йениш с соавторами.

В этой же работе авторы секвенировали на приборе ONT ткани рака печени, положительные по вирусу гепатита B (HBV), и обнаружили единственную вставку генома HBV.

Эти эксперименты демонстрируют, что нанопоровое секвенирование позволяет обнаруживать вставки ретротранспозонов и экзогенных вирусов в геномах, отмечают авторы. Поскольку доказательств интеграции SARS-CoV-2 в клеточный геном не найдено, можно предположить, что подобные вставки после реальной коронавирусной инфекции крайне редки и вряд ли будут способствовать позднейшему онкогенезу или вызывать ложноположительные результаты тестов.

(Дополнение: статья о нанопоровом секвенировании HEK293T, инфицированных SARS-CoV-2, опубликована в Cell Reports.)

Ученые из Италии, США и Новой Зеландии проверили, облегчает ли деятельность человека трансмиссию зоонозных вирусов. Они проанализировали данные о площади лесов, посевов, плотности скота и человеческой популяции, распределении видов летучих мышей и изменениях в использовании земель в регионах, населенных азиатскими подковоносами (род Rhinolophus). Авторы выбрали подковоносов, так как именно эти виды летучих мышей служат носителями коронавирусов, родственных SARS. В ходе анализа были определены так называемые горячие точки — благоприятные для летучих мышей локации, в которых зоонозный вирус потенциально может передаться человеку. Кроме того, ученые определили локации, которые могут превратить в горячие точки из-за изменений в землепользовании. Большая часть существующих горячих точек расположена в Китае, так как там растет спрос на мясные продукты, а это приводит к увеличению масштабов животноводства. Большая популяция генетически схожих животных, зачастую с подавленным иммунитетом, уязвима для инфекционных заболеваний. Горячие точки также могут появиться в Японии, на севере Филиппин и в Шанхае из-за вырубки лесов, а в Индокитае и Таиланде — из-за интенсивного животноводства.

Два штата США, Мэриленд и Монтана, приняли законы, ограничивающие использование генетической генеалогии правоохранительными органами, сообщает New York Times. Метод поспособствовал раскрытию ряда «холодных» дел, но также вызвал беспокойство о нарушении конфиденциальности. Теперь в Мэриленде судьи должны давать следователям разрешение на доступ к базам геномных данных, использовать генетическую генеалогию можно только при расследовании тяжких преступлений и ограничивает поиск сайтами со строгими условиями согласия. В Монтане же следователи должны получить ордер на обыск перед использованием ДНК-баз. Пол Хоулс, вышедший на пенсию следователь, работавший над делом Убийцы из Золотого штата, считает, что такие закон, принятый в Мэриленде, может сократить количество пользовательских профилей, доступных для следствия.