Коротко

Специальный выпуск журнала Nature посвящен проекту «Геномы позвоночных» (Vertebrate Genomes Project, VGP). Ведущее исследование представляет 16 высококачественных референсных геномов для всех таксонов позвоночных (млекопитающих, птиц, амфибий, рептилий и рыб), почти полных и почти свободных от ошибок. На сегодня пайплайны VGP уже позволили собрать 129 диплоидных геномов. Цель проекта — получение геномов более 70 000 видов позвоночных. Среди отсеквенированных видов нелетающая новозеландская птица какапо и находящаяся на грани исчезновения калифорнийская морская свинья Phocoena sinus.

«На создание эталонного генома человека ушло более 10 лет и $ 3 млрд (…) Теперь мы можем повторять этот удивительный подвиг несколько раз в день, всего за несколько тысяч долларов за геном», — сказал Адам Филлиппи, председатель рабочей группы по сборке генома и информатики VGP и глава отдела информатики генома Национального института исследования генома человека США.

В частности, VGP помог выявить ложные дупликации, потери или приобретения генов, возникающие, когда алгоритмы сборки неверно разделяют материнские и отцовские хромосомы. Одно из решений включает исследование родительских геномов (trio binning), которое помогает разделить отцовские и материнские последовательности у потомства. Если родительские данные недоступны, VGP предлагает другое решение — алгоритм FALCON-Phase.

В The Lancet Infectious Disease описан случай увеита (воспаления сосудистой оболочки глаза), вызванного горизонтальной трансмиссией T-лимфотропного вируса человека (HTLV-1). В Японии 57-летняя женщина обратилась в больницу с внезапным помутнением зрения. При осмотре и проверке результатов анализа крови были исключены аутоиммунные заболевания и саркоидоз. Тесты на возбудителей инфекционных заболеваний — Mycobacterium tuberculosis, Treponema pallidum и ВИЧ — дали отрицательный результат, однако у пациентки были антитела к HTLV-1. ПЦР-анализ выявил провирус HTLV-1 в мононуклеарных клетках периферической крови, при этом признаков T-клеточной лимфомы/лейкемии взрослых у женщины не было. Окончательный диагноз — увеит, вызванный HTLV-1. Как только причина болезни была установлена, пациентке было назначено лечение. Она перенесла несколько рецидивов, но в конце концов зрение восстановилось. Однако врачей занимал вопрос, каким путем женщина заразилась HTLV-1. Для этого вируса возможна как вертикальная, так и горизонтальная трансмиссия. Считается, что заболевания, ассоциированные с HTLV-1, развиваются в основном при вертикальной трансмиссии. В случае с конкретной пациенткой вертикальная трансмиссия была исключена: тестирование ее матери на HTLV-1 дало отрицательный результат. Значит, увеит был связан с горизонтальной трансмиссией вируса. По мнению авторов исследования, врачам следует принимать во внимание этот путь передачи при оказании помощи пациентам с HTLV-1.

Ученые из Университета Южной Каролины показали in vitro связь между воздействием органофосфатных пестицидов и потенциально повышенной восприимчивостью к COVID-19. В предыдущей работе они обнаружили, что у модельных мышей с синдромом войны в Заливе и в образцах от участников боевых действий повышен уровень IL-6. В новом исследовании ученые обрабатывали клетки человеческого легочного эпителия пестицидом хлорпирифосом, IL-6 или их комбинацией в течение шести часов, а затем добавляли в культуру S-белок SARS-CoV-2. В обработанных культурах был повышен уровень апоптоза по сравнению с контрольными клетками. Кроме того, и пестицид, и IL-6 повышали экспрессию ACE2, с которым связывается S-белок, на апикальной поверхности клеток. Результаты позволяют предположить, что воздействие пестицидов повышает чувствительность дыхательных путей к инфекции SARS-CoV-2, и дают основу для дальнейших экспериментов на животных. Работы должна быть представлена на ежегодной конференции Американского общества биохимии и молекулярной биологии, которая проходит в рамках конференции Experimental Biology 2021.

Иммунокомпрометированные пациенты исключаются из клинических испытаний вакцинных препаратов, а потому нет данных об эффективности одобренных мРНК-вакцин против COVID-19 для реципиентов солидных органов. Команда из клиники Майо наблюдала семь реципиентов органов, получивших одну либо две дозы вакцины BNT162b2 (Pfizer/BioNTech) или mRNA-1273 (Moderna) и заболевших COVID-19 через 6–44 дней после последней дозы. Симптомы инфекции развились у всех пациентов, пяти пациентам понадобилась госпитализация. Диагноз был подтвержден ПЦР-тестом. На момент первичного обследования шесть из семи пациентов были протестированы на антитела к коронавирусу. У одного из них, получившего вакцину mRNA-1273 за 44 дня до анализа, детектировался низкий уровень антител к S-белку; у остальных пациентов антител к S-белку не обнаружилось. Антител к N-белку не было ни у одного из шести пациентов. Основываясь на доступных им данных, авторы работы заключают, что уровень заболеваемости COVID-19 после вакцинации среди реципиентов солидных органов составляет 0,6%, что значительно выше, чем 0,05% в общей популяции. Для подтверждения этих результатов необходимы дополнительные исследования.

Национальные институты здравоохранения (США) начали набор участников в исследование ответа пациентов с нарушениями иммунной системы на вакцины против COVID-19. Планируется включить в исследование 500 человек не моложе 16 лет: 400 с первичными или вторичными заболеваниями иммунной системы и 100 без таких заболеваний. Иммунологический ответ на вакцину будет оцениваться по образцам крови, отобранным в разных временных точках. Ученые также соберут данные о протекании COVID-19 у пациентов с иммунодефицитами. «Несколько вакцин против COVID-19 продемонстрировали свою эффективность и безопасность в третьей фазе клинических испытаний и сейчас авторизованы FDA, — говорит директор Национального института аллергии и инфекционных заболеваний Энтони Фаучи. — Обычно люди с нарушениями иммунной системы исключаются из испытаний экспериментальных вакцин. Новое исследование … даст ценную информацию о выгодах и потенциальных рисках вакцинации для таких индивидов».

Более 1,2 миллиона геномов коронавируса SARS-CoV-2 загружено в базу данных онлайн-платформы GISAID, сообщает Nature News. Первый геном SARS-CoV-2, отсеквенированный в Китае, был опубликован в январе 2020 года, а сейчас в базе данных представлены вирусные последовательности из 172 стран. GISAID (Глобальная инициатива по обмену данными о птичьем гриппе) начала работу в 2016 году в качестве базы данных для обмена геномами гриппа. Популярность ресурса резко выросла в 2020 году благодаря обмену геномами SARS-CoV-2.

Страны, пораженные пандемией, представлены в базе данных неравномерно, добавляет Nature News. Из Великобритании, где программа секвенирования вируса была запущена на ранней стадии пандемии, поступило более 379 500 геномов, более 303 300 из США, где наращивают объемы секвенирования, но ни одного из Танзании, 49 из Ливана и шесть из Сальвадора. Россия представлена в настоящий момент более чем 3400 геномами. (Подробнее на PCR.news).

В The Lancet HIV опубликованы результаты ретроспективного исследования ожидаемой продолжительности жизни ВИЧ-инфицированных пациентов из стран Карибского бассейна, Центральной и Южной Америки, начавших принимать антиретровирусную терапию в период с 1 января 2003 года по 31 декабря 2017 года в возрасте не младше 16 лет. В исследование были включены 30 688 людей с ВИЧ. Период наблюдения разделили на три отрезка: 2003–2008 гг., 2009–2012 гг. и 2013–2017 гг. Всего умерло 2 637 человек, однако ученые заметили, что от первого временного отрезка к третьему смертность существенно снижается. Ожидаемая продолжительность жизни для 20-летних ВИЧ-инфицированных жителей Гаити увеличилась с 13,9 лет в 2003–2008 до 61,2 лет в 2013–2017. Для пациентов из других стран этот показатель увеличился с 31,0 до 69,5 лет. Результаты работы говорят о значительном увеличении ожидаемой продолжительности жизни ВИЧ-инфицированных людей, принимающих АРТ, в Латинской Америке. Однако авторы обнаружили факторы, способствующие сохранению неравенства в период наблюдения. Так, ожидаемая продолжительность жизни для женщин была заметно выше, чем для мужчин. Кроме того, более низкая ожидаемая продолжительность жизни ассоциировалась с малым количеством CD4+ T-клеток, туберкулезом и низким уровнем образования.

Появление новых, более заразных вариантов SARS-CoV-2 вызвало дебаты о том, следует ли вакцинировать большее количество людей первой дозой имеющихся вакцин и отложить введение второй дозы или отдать приоритет завершению двухдозовых серий.

Канадские исследователи построили математическую модель, согласно которой увеличение временного интервала между первой и второй дозами вакцины может повысить эффективность программ вакцинации. Введение второй дозы вакцин Moderna и Pfizer-BioNTech через 9-15 недель после первой позволяет избежать большего количества госпитализаций, инфекций и смертей по сравнению с рекомендованными графиками для этих вакцин. В этом случае вакцинация одной дозой обеспечивает более широкий охват.

Однако авторы предполагали, что уровень защиты после первой дозы останется стабильным, хотя и не таким высоким, как после двух доз, а это еще не подтверждено клиническими данными.

Осенью 2020 года Саймон Хедер, доцент кафедры государственной политики Университета Пенсильвании, провел репрезентативный на национальном уровне опрос о вакцинации с участием 2404 человек. Темой было отношение к обязательной вакцинации в детских садах, школах начального и среднего образования, а также в университетах и колледжах.

Около 70% участников «определенно» или «вероятно» поддержали обязательную вакцинацию в детских садах (не только против коронавирусной инфекции), чуть более 50% поддержали обязательную вакцинацию против COVID-19 для детей и около 60% — для сотрудников. Около 68% поддержали обязательную вакцинацию для школьников, более 50% поддержали обязательную вакцинации COVID-19 для учащихся и чуть менее 60% — для учителей. Для высших учебных заведений результаты составили около 65%, 55% и 58% соответственно.

Демократы активнее поддерживали вакцинацию, чем умеренные или республиканцы. Белые американцы и те, кто считает школы подходящим местом для оказания медицинских услуг, также с большей вероятностью поддержали любые решения по вакцинации.

«Даже если у детей меньше шансов серьезно заболеть, было показано, что вакцинация учащихся снижает количество смертей в популяции, особенно среди пожилых людей, — сказал Хедер. Но хотя большинство американцев поддержит требования о вакцинации против COVID-19 в образовательных учреждениях, примерно каждый пятый будет безразличен, и еще каждый пятый будет против.

Италия ищет возможности для производства мРНК-вакцины против COVID-19 на своей территории, сообщает Financial Times. Страна начала переговоры с Moderna, Novartis и ReiThera. Переговоры с Moderna провалились, так как компания не обладает достаточными мощностями для запуска производства в Италии, общение с остальными компаниями находится на самой ранней стадии. Financial Times считает, что поведение Италии отражает общее движение Европы от аденовирусных вакцин к мРНК-вакцинам, вызванное сомнениями в безопасности препаратов AstraZeneca и Johnson & Johnson.