Коротко

Некоторые исследователи бойкотируют Journal of the American Medical Association после эпизода подкаста, в котором бывший заместитель главного редактора журнала выразил сомнения в наличии структурного расизма в медицине, пишет Buzzfeed News.

У структурного расизма нет официального определения, но суть заключается в том, что расизм — не продукт личных предрассудков людей, его поддерживают законы, правила и обычаи, допускает и даже поощряет правительство. Однако не все считают, что структурный расизм все еще процветает в американском обществе и в системе здравоохранения в частности. Бывший заместитель главного редактора JAMA Эдвард Ливингстон во время записи подкаста журнала сказал: «Структурный расизм — неудачный термин. Лично я думаю, что исключение расизма из разговора поможет. Многих из нас оскорбляет представление о том, что мы расисты». При продвижении эпизода в Твиттере журнал использовал фразу: «Не существует врачей-расистов, так откуда взяться структурному расизму в медицине?» После скандала эпизод был удален.

В результате Ливингстон ушел из журнала, а главный редактор JAMA Говард Баухнер находится в административном отпуске. Однако многие ученые считают, что этого недостаточно. Они отказываются посылать статьи в журнал, пока в нем не произойдут большие перемены, в частности, они требуют увеличения этнического разнообразия в штате.

В новом обзоре компания SkyGen подробно рассматривает механизмы работы системы CRISPR/Cas и особенностях ее применения для лабораторного редактирования геномов. В тексте приведено краткое руководство по выбору методов оценки результата редактирования и особо подчеркивается необходимость внимательного отношения к дизайну эксперимента. Краткое содержание обзора — на PCR.news.

Ученые из Университета Коннектикута (США) разработали вакцину против вируса Зика на основе вируса осповакцины (VACV) и протестировали ее защитные свойства на мышах. Они использовали VACV с индуцируемой репликацией, экспрессирующий премембранный (prM) и оборочечный (E) белки вируса Зика. Конструкт, получивший рабочее название vIND-ZIKV, содержал элементы оперона tetracycline и реплицировался только в присутствии тетрациклинов. Ученые наращивали вирусоподобные частицы vIND-ZIKV in vitro в присутствии доксициклина. In vivo, в отсутствие доксициклина, вакцина не реплицировалась. Однократная вакцинация мышей давала выскоие уровни IFNγ-секретирующих спленоцитов и IgG против E-белка, при этом уровни нейтрализующих антител в сыворотке были небольшие. Мыши, получившие одну дозу vIND-ZIKV и дополнительно антитело к IFNAR1 были полностью защищены от виремии при заражении вирусом Зика. Двухдозовая схема увеличивала титр IgG против E-белка и защищала мышей от виремии без экзогенных антител. Работа опубликована в Scientific Reports.

Дата: Понедельник, 26 апреля 2021 г. 13:00 (Мск).  

Уважаемые коллеги! Приглашаем вас на вебинар, посвященный актуальным вопросам современной молекулярной диагностики и эпидемиологии туберкулеза и микобактериозов. Будет представлена подробная информация по структуре популяции и эволюции Mycobacterium tuberculosis, молекулярным методам детекции резистентных и эпидемических штаммов, клиническому значению молекулярных тестов. Также будут обсуждаться вопросы автоматизации молекулярной диагностики туберкулеза и разработки новых методов.

Модератор: Мокроусов И.В., д.б.н., заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера (Санкт-Петербург)

Спикеры:

Мокроусов И.В. Молекулярная эпидемиология туберкулеза

Зименков Д.В.  Генетика резистентности микобактерий туберкулеза и методы молекулярной детекции

Огарков О.Б. Микробиота и биопленки при туберкулезе лёгких

Подробности

Команда ученых из Южной Кореи разработала температурно-временной индикатор, с помощью которого можно контролировать условия хранения мРНК-вакцин. Новый индикатор улавливает небольшие изменения отрицательных температур. Он состоит из замороженной в жидком азоте окрашенной смеси этиленгликоля с водой и белого целлюлозного сорбента. Температура плавления смеси — около -69°С (мРНК-вакцина против COVID-19 Pfizer/BioNTech хранится при -70°С). При плавлении происходит диффузия смеси в сорбент, эти изменения детектируются визуально. Состав смеси подобран таким образом, что кратковременное воздействие комнатной температуры, которое происходит, например, в цепи низкотемпературных перевозок при перемещении из одного холодильника в другой, не дает видимых изменений индикатора. Для первичной проверки индикатор встроили во флакон того же типа, что и емкости, в которых поставляется вакцина. Флакон хранили семь дней при -80°С, затем вынимали и наблюдали за изменениями. Видимая глазом диффузия начиналась через две минуты — именно столько времени вакцина может находиться при комнатной температуре без потери свойств. По словам авторов, изменяя состав окрашенной смеси, можно подобрать индикатор для любых отрицательных температур.

США и 13 других стран выразили обеспокоенность по поводу задержек при подготовке отчета ВОЗ о происхождении нового коронавируса, вызывающего COVID-19, и проблем с доступом к полным данным о начале пандемии.

Международная исследовательская миссия ВОЗ сделала вывод, что новый коронавирус, скорее всего, произошел от животных, версии же об утечке из лаборатории или заносе вируса в Китай из других стран на замороженных продуктах оценены как маловероятные. (Интервью с участником миссии Владимиром Дедковым на PCR.NEWS.)

Однако генеральный директор ВОЗ Тедрос Аданом Гебреисус заявил, что исследователи ВОЗ столкнулись с трудностями при попытке получить доступ к необработанным данным. «Я ожидаю, что будущие совместные исследования будут включать более своевременный и полный обмен данными», — сказал глава ВОЗ. Некоторые исследователи также критиковали команду ВОЗ за то, что вывод о маловероятности утечки был сделан без детального расследования.

Заявление опубликовано на сайте госдепартамента США. Его подписали правительства Австралии, Канады, Чехии, Дании, Эстонии, Израиля, Японии, Латвии, Литвы, Норвегии, Республики Корея, Словении, Великобритании и США. Новая Зеландия заявила, что хочет провести независимый анализ отчета ВОЗ, прежде чем давать комментарии. Страны, подписавшие заявление, призывают ВОЗ и страны-члены подтвердить приверженность свободному доступу для экспертов, прозрачности и оперативности, и выступают за продолжения исследований на животных, с тем, чтобы достоверно установить источник пандемии.

Ведущий китайский медицинский эксперт Лян Ваньнянь, один из руководителей совместного исследования, ответил, что фактических оснований для обвинений в адрес Китая нет. «Конечно, согласно китайскому законодательству, некоторые данные нельзя забрать или сфотографировать, но когда мы вместе анализировали их в Ухане, каждый мог видеть базу данных, материалы — все это было сделано вместе», — сказал он.

Управление по контролю продуктов и лекарств США опубликовало обновленную информацию для лабораторий и медицинских работников, в которой описывается влияние мутаций SARS-CoV-2 на молекулярные, антигенные и серологические тесты.

В январе FDA особо упомянуло два теста на РНК вируса, эффективность которых может быть снижена мутациями: Accula SARS-Cov-2 (Mesa Biotech) и TaqPath COVID-19 (Thermo Fisher).Теперь к ним добавились Linea COVID-19 от Applied DNA Sciences и тесты от Cepheid — Xpert Xpress SARS-CoV-2, Xpert Xpress SARS-CoV-2 DoD и Xpert Omni SARS-CoV-2.

Агентство отметило, что в случае теста Accula влияние варианта, вызывающего озабоченность, «не кажется значительным». В случае тестов Applied DNA, Thermo Fisher и Cepheid определенные мутации могут снизить чувствительность для отдельных участков-мишеней, но поскольку все эти тесты обнаруживают несколько мишеней, общая чувствительность каждого из них не должна снизиться.

Кроме того, FDA отметило, что при использовании тестов Thermo Fisher и Applied DNA Sciences ситуации, когда тесты не могут обнаружить мишени в S-гене, но выявляют остальные мишени, могут указывать на наличие мутаций, характерных, в частности, для «британского» варианта B.1.1.7. В этом случае следует рассмотреть возможность секвенирования образца.

Команда Дэвида Лю из Института Эли и Эдит Бродов в коллаборации с учеными из других научных центров США сравнили версию PE2 разработанной ими системы точного редактирования генома (prime editing, праймированное редактирование) с CRISPR-опосредованной гомологичной рекомбинацией (HDR) на мышах. PE2 — это двухкомпонентная платформа, состоящая из никазы Cas9, сшитой с обратной транскриптазой вируса мышиной лейкемии, и гидовой РНК, которая одновременно выполняет роль матрицы, кодирующей необходимые изменения для целевого сайта. В качестве мишени был выбран сайт связывания транскрипционных факторов CArG box в промоторе гена Tspan2. Ученые вносили в CArG box три нуклеотидные замены с помощью HDR и одну — с помощью PE2. Количественная ОТ-ПЦР и иммунофлуоресцентная гибридизация РНК in situ подтвердили сходную эффективность HDR и PE2: мРНК Tspan2 отсутствовала в клетках гладких мышц сосудов. По результатам секвенирования, PE2, в отличие от HDR, не давала инделов в сайте-мишени и не приводила к нецелевым мутациям. Авторы заключают, что PE2 — достаточно точный инструмент для моделирования и корректирования однонуклеотидных вариаций у мышей. Работа опубликована в Genome Biology.

Российские ученые из Санкт-Петербургского государственного университета и Национального научного центра морской биологии ДВО РАН при участии коллеги из Хельсинки впервые обнаружили линию трансмиссивного рака двустворчатых BTN2 у тихоокеанской мидии Mytilus trossulus. Таксономическую группу голубых мидий, к которой относится и M. trossulus, поражают две линии трансмиссивного рака (bivalve transmissible neoplasia): BTN1 и BTN2. Ранее генетический анализ показал, что обе линии происходят от M. trossulus, но в самой мидии обнаруживалась только BTN1. Авторы новой работы проверили наличие BTN в популяции M. trossulus из Японского моря. Анализ гемолимфы моллюсков с помощью гемоцитологии и проточной цитометрии подтвердил рак. Пораженные раком мидии несли генотип BTN2 EF1α и два митохондриальных гаплотипа, соответствующие линии BTN2. В настоящее время ученые разрабатывают методы быстрой диагностики рака, пригодные для наблюдения за природными и коммерческими популяциями моллюсков.

Эндрю Файр и Масса Шура из Стэнфорда с коллегами секвенировали РНК в составе вакцины Moderna, последовательность опубликовали на GitHub. Авторы исследования поясняют, что не потратили ни одной дозы вакцины, а взяли оставшиеся капли на дне флаконов из пунктов вакцинации Стэндфордского университета и Министерства по делам ветеранов США. По словам Шуры и Файра, FDA разрешило им получить эти остатки и одобрило решение опубликовать последовательность. Ответа от Moderna исследователи не получили.

РНК фрагментировали нагреванием до 94°C, праймировали случайными адапторами с гексамерными хвостами, амплифицировали с помощью Takara SMARTerer Stranded RNA-seq kit и секвенировали на MiSeq (Illumina). 

Последовательность мРНК вакцины BioNTech/Pfizer была опубликована ранее и обсуждалась. Чтобы убедиться в точности полученных данных, секвенировали и ее тоже.

РНК в составе вакцин одноцепочечная: двухцепочечная РНК вызывает нежелательные неспецифические эффекты. Большинство полученных ридов для обеих вакцин относилось к ожидаемой смысловой цепи РНК; присутствие незначительного количества ридов антисмысловой нити, скорее всего, не связано с присутствием дцРНК в вакцинах и нуждается в дальнейших исследованиях.

Авторы особо подчеркивают, что цель этой работы — не воспроизведение вакцины Moderna в «гаражных» условиях, а обеспечение доступа к последовательности в образовательных и научных целях — например, чтобы была возможность отличить последовательность РНК вакцины от вирусной РНК. В любом случае, вакцина содержит, помимо РНК, и другие важные компоненты.